灵活就业人员自己开公司后，想要由公司来缴纳社保，需要按照一定流程进行操作，并确保符合相关规定。以下是为您提供的详细解答：
一、社保缴纳方式
以公司职工身份参保
设立社保账户
- 时间要求：新公司必须在领取营业执照后的30日内完成社保账户的设立。
- 办理地点：前往公司注册地的社保管理中心或地税服务厅进行办理。
- 所需材料：准备社保缴费登记表、组织机构代码证（如已三证合一则无需提供）、经办人身份证、单位公章等。部分地区可能还需额外提供单位参保的申请报告及员工花名册。
确定缴费基数与申报缴纳
- 根据员工的工资收入来确定社保缴费基数，该基数需在当地规定的最低和最高缴费基数之间。
- 每月在规定的时间内，通过社保经办机构指定的网上申报系统或到现场办理社保费用的申报和缴纳手续。
缴纳险种及比例
- 公司需要为员工缴纳五险一金，包括养老保险（公司16%，个人8%）、医疗保险（公司6%-10%，个人2%左右）、失业保险（公司0.5%-1%，个人0.5%左右）、工伤保险（由公司承担，个人不缴）、生育保险（公司0.5%-1%，个人不缴）以及住房公积金（公司和个人各5%-12%）。
二、注意事项
定期缴纳社保费用
- 社保费用需按月缴纳，通常每月的1-15日为缴费期。具体缴费时间可能因地区而异，建议咨询当地社保或税务部门以获取准确信息。
- 确保公司银行账户中有足够的资金，以便顺利扣缴社保费用，避免产生滞纳金。
查询与核对社保信息
- 通过多种渠道查询个人社保缴交金额和历史记录，如窗口查询、自助终端查询、社保网站查询以及微信/支付宝等移动应用查询。
- 定期核对社保明细，确保缴费记录准确无误，如有异常及时与社保经办机构联系。
合规性
- 在办理社保缴纳过程中，务必遵守当地的相关政策和规定，确保操作的合规性。
- 如公司规模较小或希望更灵活处理社保事务，可选择挂靠人力资源代理公司，但需签订代理合同并按约定支付相关费用。
三、特殊情况处理
- 如果灵活就业人员之前以个人身份参保，现在需要转为公司职工身份参保，需要办理社保关系的转移手续。这通常包括到原参保社保经办机构办理转出手续，并将《转移单》交予新公司，由公司人事或财务部门办理转入手续。
综上所述，灵活就业人员自己开公司后想要由公司缴纳社保，需要按照上述流程进行操作，并确保符合相关规定。在办理过程中如有疑问或遇到困难，建议及时咨询当地社保或税务部门以获取帮助。