当您从灵活就业状态转入公司名下后，社保的缴费方式将会发生一些变化。以下是对您如何在新单位进行社保缴费的详细解答：
首先，您需要明确的是，一旦您与公司签订了劳动合同，根据法律规定，公司就有法定义务为您依法缴纳社会保险费。这意味着您不能再以灵活就业者的身份继续参保，而是需要转为公司的在职职工参保方式。
接下来，关于社保参保手续的办理，您需要按照以下步骤进行：
个人先办停缴：在正式入职公司之前，您需要前往之前办理灵活就业社保的机构或部门，办理停止缴费手续。这一步是必要的，因为您需要退出灵活就业的参保方式，才能顺利转入公司的在职职工参保。
单位再办就业参保：在您办理完停止缴费手续后，公司的人力资源部门或相关负责人将会为您办理在职职工的社保参保手续。这通常包括填写相关的社保表格，提供必要的个人信息和证件，以及确定缴费基数和比例等。
至于您之前以灵活就业者身份缴纳的养老保险费，您无需担心它们会清零。无论是灵活就业转企业职工缴费，还是因失业而中断缴费，您前后的缴费年限和养老保险个人账户储存额都是累计计算的，不会因为参保方式的改变而清零。
总的来说，从灵活就业转到公司名下后，您的社保缴费将由公司负责，您只需配合公司完成相关的参保手续即可。如果您在办理过程中有任何疑问或需要帮助，可以随时咨询公司的人力资源部门或当地的社保机构。