关于水果店的营业执照开发票是否免税的问题，这主要取决于水果店的具体经营情况和税收法规的规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、免税情况

1. 农业生产者自产自销：根据税收法规，农业生产者销售的自产水果是免征增值税的。这意味着，如果水果店是由农业生产者直接经营，并且销售的是自己种植的水果，那么其开具的发票是可以免税的。

二、应税情况

1. 非农业生产者自产自销：如果水果店并非由农业生产者直接经营，或者销售的是非自产的水果（例如从其他渠道批发或购进的水果），则需要照章征收增值税。此时，水果店开具的发票是需要缴纳税款的。

2. 税率及征收率：对于一般纳税人而言，适用9%的税率；对于小规模纳税人，原本适用3%的征收率，但根据最新的税收优惠政策（自2023年1月1日至2027年12月31日），小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，可以减按1%征收率征收增值税。

三、总结

综上所述，水果店的营业执照开发票是否免税，主要取决于其是否属于农业生产者自产自销的情况。如果是农业生产者自产自销，则可以免税；如果不是，则需要根据具体的税率或征收率缴纳增值税。因此，在实际操作中，水果店应根据自己的经营情况和税收法规的规定来确定是否需要缴纳税款，并依法开具发票。