公司后期以缓刑为由开除员工，这一行为可能不合法。具体分析如下：

首先，我们需要明确的是，员工被判处缓刑并不等同于被剥夺政治权利或丧失劳动能力。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，员工在缓刑期间，除非有特定的法律或公司规定明确禁止，否则其劳动权利是受到保护的。

1. 公司规章制度的合法性：

   • 如果公司在员工入职时或之后，没有明确告知员工缓刑会被作为开除的理由，并且公司的规章制度或劳动合同中没有相关规定，那么公司以缓刑为由开除员工就缺乏合法的依据。

2. 劳动法的保护：

   • 根据劳动法，员工在缓刑期间，只要能够正常履行工作职责，公司就不能仅仅因为缓刑这一事实而开除员工。开除员工需要基于合法、合理且公正的理由，如严重违反公司规章制度、不能胜任工作等。

3. 可能面临的法律风险：

   • 如果公司无故以缓刑为由开除员工，员工有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任，包括经济补偿等。

综上所述，公司在员工缓刑期间不开除，但后期又以缓刑为由开除员工，这一行为在缺乏合法依据的情况下是不合法的。公司应该遵循劳动法的规定，确保开除员工的决定有合法、合理且公正的依据。

如果你面临这样的情况，建议首先与公司进行沟通，了解开除的具体原因，并查看公司的规章制度和劳动合同是否有相关规定。如果认为公司的开除决定不合法，可以寻求劳动仲裁机构或法院的帮助来维护自己的权益。