当员工因工受伤但公司不认为是工伤且不主动申请工伤认定时，员工可以采取以下步骤来维护自己的权益：

一、了解工伤认定的权利与流程

1. 工伤认定是员工的法定权利：无论公司是否认可，员工都有权在规定的时限内（通常为事故伤害发生之日起1年内）申请工伤认定。

2. 准备必要的申请材料：包括劳动关系证明（如劳动合同、工作证、考勤记录等）、医疗机构的诊断证明、事故现场的相关证据（如照片、视频、目击者证言等）。

二、自行申请工伤认定

1. 向社保部门提出申请：员工或其近亲属、工会组织可直接向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。

2. 等待行政部门调查与认定：行政部门会受理申请，并根据提交的材料及调查结果，在法定期限内作出工伤认定决定。

三、应对公司可能的反应

1. 公司否认劳动关系：若公司否认与员工存在劳动关系，员工可通过劳动仲裁来确定劳动关系，提供工资支付凭证、工作证、考勤记录等证据。

2. 公司对工伤认定决定不服：若公司对工伤认定决定有异议，可能会申请行政复议或提起行政诉讼。员工需积极配合，提供相关证据以维护自身权益。

四、要求赔偿与维权

1. 要求公司赔偿：一旦认定为工伤，员工有权要求公司支付医疗费、停工留薪期工资、残疾赔偿金等工伤待遇。

2. 通过劳动仲裁或诉讼维权：若公司拒绝赔偿，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼。

五、注意事项

1. 保留证据：在整个过程中，员工应特别注意收集和保存所有与工伤相关的证据，包括劳动合同、医疗票据、工作证、事故现场照片等。

2. 寻求法律援助：若员工经济困难或法律知识有限，可向当地法律援助机构申请法律援助，以获得专业的法律支持。

综上所述，当员工因工受伤且公司不主动申请工伤认定时，员工应了解自己的权利与流程，自行申请工伤认定，并准备必要的证据材料。同时，要应对公司可能的反应，并在必要时通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。