当食品许可证过期三年时，这是一个比较严重的问题，因为您已经长时间处于无证经营的状态，这可能会面临法律处罚和业务中断的风险。以下是我为您提供的详细建议：
一、立即停止经营活动
首先，您必须立即停止所有与食品相关的经营活动。继续经营将加剧法律风险，并可能导致更严重的后果。
二、了解许可类型与规定
确认您的许可类型（食品生产许可或食品经营许可），因为不同类型的许可有不同的续期和重新申请规定。这将帮助您更清楚地了解下一步应该采取的行动。
三、重新申请食品许可证
由于您的许可证已经过期三年，远远超过了可能的延续期限，因此您需要按照初次申请的流程重新申请食品许可证。以下是重新申请可能需要准备的材料：
请务必咨询当地食品药品监督管理部门，以获取最新的申请要求和材料清单。
四、接受可能的处罚
根据《中华人民共和国食品安全法》及相关规定，食品许可证过期后继续经营属于违法行为，将面临没收违法所得、违法经营的食品及用于违法经营的工具、设备等物品，并处以罚款。罚款金额根据违法生产经营的食品货值金额确定。
由于您的许可证已经过期三年，执法部门可能会对您进行较重的处罚。然而，如果您能主动停止经营活动、积极配合调查，并尽快补办手续，执法部门可能会酌情从轻处罚。
五、积极与监管部门沟通
尽快与当地食品药品监督管理部门取得联系，咨询具体的重新申请流程、所需材料以及可能面临的处罚情况。通过积极沟通，您可以更好地了解监管部门的期望和要求，从而更有效地解决问题。
六、加强内部管理与合规意识
在重新获得食品许可证后，您应加强内部管理，确保所有食品经营活动都符合法律法规的要求。同时，提高员工的合规意识，定期进行食品安全培训，以避免类似问题再次发生。
综上所述，食品许可证过期三年是一个严重的问题，需要您立即采取行动。通过停止经营活动、重新申请许可证、接受可能的处罚、积极与监管部门沟通以及加强内部管理与合规意识，您可以尽快解决这个问题，并恢复合法的食品经营活动。