核心结论：食品许可证过期两年未立案，存在行政处罚风险，但可通过主动整改、申请延续或复议诉讼等途径降低损失。以下是具体分析：

1. 行政处罚风险仍存在，但可能减轻

根据《食品安全法》第122条，未取得食品生产经营许可从事经营活动，由监管部门没收违法所得及工具设备，并处货值金额10-20倍罚款（货值不足1万元的，处5-10万元罚款）。
关键点：

• “过期未续”是否等同“无证经营”：许可证过期后继续经营，通常会被认定为“无证经营”，但若在过期后立即停止经营并申请延续，可能被认定为“程序瑕疵”而非“故意违法”。
  
• 两年未立案的影响：行政处罚的时效为2年（自违法行为终了之日起计算），若监管部门在两年内未发现违法行为，原则上不再处罚。但若在两年内已发现但未立案，或存在连续违法行为（如持续经营至被查处），仍可能被处罚。
  建议：立即停止经营，整理过期后的经营记录（如销售单据、停业证明等），证明无主观恶意或已及时整改，争取从轻或免除处罚。

2. 主动申请延续或补办许可证，降低合规风险

若企业仍需继续经营，应尽快向原发证部门申请延续或补办许可证：

• 材料准备：需提交延续申请书、营业执照、设备布局图、人员健康证明等（具体以当地要求为准）。
  
• 说明情况：在申请中如实说明许可证过期原因及整改措施（如已停止经营、加强内部管理等），争取监管部门理解。
  注意：若许可证已被注销（因过期未延续），需重新申请新证，流程与首次申请一致。

3. 若已被处罚，可依法申请行政复议或诉讼

若监管部门已立案并作出处罚决定，企业认为处罚过重或程序违法，可：

• 行政复议：自知道处罚之日起60日内，向上一级监管部门或本级政府申请复议，要求撤销或变更处罚。
  
• 行政诉讼：若复议未果，可在6个月内向法院起诉，主张处罚缺乏事实依据（如已停止经营）或程序违法（如未告知陈述申辩权）。
  关键证据：过期后的停业证明、整改记录、监管部门未及时查处的证据等。

4. 长期未经营的企业，建议注销或转让

若企业已长期停业且无继续经营计划，建议：

• 注销许可证：向监管部门申请注销，避免因“僵尸证”被列入异常名录或影响信用。
  
• 转让资质：若许可证仍有价值（如特定品类许可），可依法转让给符合条件的企业，但需办理变更手续。
  

总结：食品许可证过期两年未立案，虽存在行政处罚风险，但通过主动整改、申请延续或依法维权，可最大限度降低损失。具体操作需结合当地监管政策及企业实际情况，如有疑问可直接向我咨询。