针对您提出的“社保跟工资不在一个公司怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，理论上工资和社保缴存基数应该是一致的，并且员工的工资、社保、个税通常应该在同一个主体公司下。但在实际操作中，可能会遇到一些特殊情况，导致工资和社保不在同一个公司。
一、工资与社保不在同一个公司的原因及合法性分析
公司内部调配：员工可能因公司内部调配，如总部派往分公司或异地工作，导致工资和社保不在同一个公司。这种情况下，虽然操作层面可以实现，但从合规性角度来看，还是建议尽量统一调整到一个单位户下，以确保合同、社保和个税的一致性。
第三方代缴：有些公司可能会选择通过第三方人力资源公司代缴社保，而工资则由公司自行发放。这种情况下，如果个税也是由公司自行申报，且符合相关规定，那么这种操作在一定程度上是可以的。但需要注意的是，长期只代缴社保而不发放工资和个税，可能会涉嫌骗取待遇的行为，因此建议避免长期代缴。
二、如何处理工资与社保不在同一个公司的情况
内部调整：如果可能的话，建议公司内部进行调整，确保员工的工资、社保和个税都在同一个主体公司下。这可以通过调整员工的工作地点、工作岗位或签订新的劳动合同等方式实现。
协商处理：如果内部调整不可行，建议公司与员工进行协商，明确双方的权利和义务。可以签订相关的协议或补充协议，确保员工的权益不受损害。
咨询专业机构：在处理这种情况时，建议咨询专业的法律或财务机构。他们可以根据具体的法律法规和政策规定，为公司提供专业的建议和指导。
三、注意事项
合规性风险：工资与社保不在同一个公司可能会带来合规性风险。因此，在处理这种情况时，需要谨慎对待，确保符合相关法律法规和政策规定。
员工权益保障：在处理这种情况时，需要充分考虑员工的权益保障。确保员工的工资、社保和个税等权益不受损害是公司的责任和义务。
综上所述，虽然工资与社保不在同一个公司在实际操作中可能会遇到一些困难，但通过内部调整、协商处理和咨询专业机构等方式，我们可以找到合适的解决方案。同时，我们也需要注意合规性风险和员工权益保障的问题，确保公司的运营符合相关法律法规和政策规定。