入职公司和发放工资公司不是一家的情况，在法律上并不罕见，但确实可能给劳动者带来一些困惑和风险。首先明确结论：这种情况本身不违法，但关键在于两家公司之间的关系以及是否都与你建立了合法的劳动关系或劳务关系。
一、两家公司之间的关系及法律影响
关联公司或母子公司关系：
- 如果入职的公司和发放工资的公司是关联公司或母子公司，且它们之间有明确的协议或安排，确保你的劳动权益得到保障，那么这种情况通常是合法的。
- 法律建议：在这种情况下，你可以要求两家公司共同出具一份书面说明，明确你的劳动关系归属、工资发放主体以及各自的权利义务，以保障自己的合法权益。
劳务派遣或外包关系：
- 如果入职的公司实际上是将你派遣或外包给另一家公司进行工作，而工资由这家实际用工单位发放，那么这就涉及到了劳务派遣或外包的法律关系。
- 法律建议：在这种情况下，你需要确认自己是否与派遣公司或外包公司签订了劳动合同，以及劳动合同中是否明确规定了你的工资、福利、工作时间等劳动权益。同时，你也可以要求实际用工单位提供相关的劳务派遣或外包协议，以了解自己的法律地位和权益。
无合法关系或欺诈行为：
- 如果两家公司之间没有合法的关联或协议，且入职的公司并未与你建立真实的劳动关系，而是通过另一家公司发放工资来规避法律责任，那么这就可能构成欺诈行为。
- 法律建议：在这种情况下，你可以收集相关证据（如入职协议、工资条、工作记录等），向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
二、可能面临的法律风险及应对措施
工资支付风险：
- 如果发放工资的公司出现经营困难或破产等情况，可能导致你的工资无法按时支付。
- 应对措施：你可以要求入职的公司提供担保或签订书面协议，确保在发放工资的公司无法支付时，由入职的公司承担支付责任。
社会保险和福利待遇风险：
- 如果两家公司之间没有明确的协议或安排，可能导致你的社会保险和福利待遇无法得到保障。
- 应对措施：你可以要求入职的公司或发放工资的公司为你缴纳社会保险和提供福利待遇，并签订书面协议明确各自的责任和义务。
劳动争议解决风险：
- 在发生劳动争议时，如果两家公司之间互相推诿责任，可能导致你的维权之路变得艰难。
- 应对措施：你可以在入职时就与两家公司明确约定劳动争议的解决方式和管辖法院，以便在发生争议时能够迅速有效地维护自己的权益。
三、实际操作建议
- 保留证据：无论哪种情况，你都应该保留好与入职公司和发放工资公司之间的所有书面协议、工资条、工作记录等证据，以备不时之需。
- 及时咨询：如果你对这种情况感到困惑或不安，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
- 关注动态：密切关注两家公司的经营状况和法律关系变化，以便在出现问题时能够及时应对。
总之，入职公司和发放工资公司不是一家的情况并不罕见，但关键在于要理清两家公司之间的关系以及你的法律地位和权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。