当您发现员工合同和工资发放不是同一个公司时，这确实是一个需要仔细处理的问题，因为它可能涉及到劳动关系的认定、工资支付责任以及潜在的法律风险。以下是一个详细的处理指南，帮助您理清思路并采取合适的行动：
一、核实情况
仔细核对合同与工资条：
- 确认劳动合同上明确标注的用人单位名称。
- 核对工资条或银行工资流水上的付款方名称，看是否与劳动合同上的用人单位一致。
了解背后原因：
- 可能是集团内部关联交易，即一个公司签订合同，另一个关联公司实际支付工资。
- 也可能是存在劳务派遣、外包等特殊用工形式。
- 或者是公司为了规避某些法律责任而采取的非常规操作。
二、与用人单位沟通
主动询问：
- 向直接上级或人力资源部门询问工资支付与合同签订公司不一致的原因。
- 要求他们提供书面解释或说明，以便您了解具体情况。
要求明确责任：
- 如果涉及关联交易或特殊用工形式，要求用人单位明确哪个公司是您的实际雇主，以及工资支付、社保缴纳等责任由哪个公司承担。
- 要求签订补充协议或变更劳动合同，以明确双方的权利和义务。
三、保留证据
收集相关文件：
- 保留劳动合同、工资条、银行工资流水、考勤记录、绩效评估结果等所有与劳动关系和工资支付相关的文件。
- 如果可能，收集用人单位关于工资支付与合同签订公司不一致的书面解释或说明。
记录沟通情况：
- 记录与用人单位沟通的时间、地点、参与人员以及沟通内容。
- 如果可能，保存沟通记录的截图、录音或录像等证据。
四、寻求法律帮助
咨询专业律师：
- 如果与用人单位沟通无果，或者您对用人单位的解释不满意，可以咨询专业律师。
- 律师可以帮助您分析具体情况，提供法律建议，并指导您如何维护自己的合法权益。
向劳动监察部门投诉：
- 如果用人单位存在违法行为，如未按照劳动合同约定支付工资、未缴纳社保等，您可以向当地劳动监察部门投诉。
- 投诉时，提供劳动合同、工资条、银行工资流水等证据，以便劳动监察部门进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门处理后仍未解决问题，或者您对处理结果不满意，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 如果对仲裁结果不满意，还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。
五、注意事项
保持冷静和理性：
- 在处理此类问题时，保持冷静和理性至关重要。避免与用人单位发生不必要的冲突或争执。
及时行动：
- 一旦发现工资与合同不符或存在其他问题，应及时采取行动。不要拖延时间，以免错过维权时机。
了解法律法规：
- 了解相关的劳动法律法规，如《劳动合同法》、《劳动争议调解仲裁法》等，以便在维权过程中有法可依。
总之，当您发现员工合同和工资发放不是同一个公司时，应首先核实情况、与用人单位沟通并保留证据。如果问题无法解决，可以寻求法律帮助并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。