单位拒绝开在职证明是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的全面分析：

1. 合法拒绝的情况：

   • 涉及商业秘密或敏感信息：如果员工要求的工作证明内容涉及单位的商业秘密、核心技术等敏感信息，单位有权拒绝开具，以保护自身竞争优势。
   • 证明用途不合理或不合法：若员工要求的证明用于非法活动或不合理用途，如虚假贷款、传销等，单位可以拒绝。
   • 不符合单位规定的流程和要求：员工未按单位规定的流程提出申请，如未提前申请、未填写规定表格等，单位有权拒绝。

2. 不合法拒绝的情况：

   • 员工正常合理需求被拒绝：员工因办理信用卡、申请合法贷款、子女入学、签证等正常事务需要工作证明时，单位无正当理由拒绝是不合法的。基于劳动关系的附随义务和诚实信用原则，单位应在合理范围内配合员工的正当需求。

员工应对措施：

• 与单位沟通协商：员工应首先尝试与单位沟通，解释开具工作证明的目的和用途，提供相关证明材料，以消除单位疑虑。
• 向劳动监察部门投诉：若沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉。劳动监察部门会调查处理，并可能责令单位改正或罚款。
• 申请劳动仲裁或提起诉讼：若问题仍未解决，员工可以申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，但需提供充分证据证明自己的主张。

综上所述，单位拒绝开在职证明的合法性需根据具体情况判断。员工在要求开具工作证明时应确保用途合理合法，并遵循单位规定流程。若单位无理拒绝，员工可采取相应措施维护自己的合法权益。如果你在这方面有进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。