公司不认可在职证明的合法性，需分情况讨论：

1. 在职证明本身的合法性：

   • 在职证明是公司出具给员工，用于证明员工与公司之间存在劳动关系的文件。从法律角度讲，只要在职证明的内容真实、准确，且由公司合法授权的人员（如人力资源部门负责人或公司法定代表人）签字并加盖公司公章，那么这份在职证明就是合法有效的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。在职证明作为劳动关系存在的一种证明形式，只要其内容真实且符合法定形式，即具有法律效力。

2. 公司不认可在职证明的可能原因及合法性分析：

   • 原因一：在职证明内容不实：如果公司认为在职证明上的内容（如入职时间、职位、薪资等）与实际情况不符，那么公司有权不认可这份在职证明。在这种情况下，公司的不认可行为是合法的，因为在职证明必须真实反映员工的劳动关系状况。
   • 原因二：在职证明出具程序不合法：如果在职证明未经公司合法授权的人员签字或未加盖公司公章，或者出具在职证明的过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，那么这份在职证明可能被视为无效。公司因此不认可在职证明也是合法的。
   • 原因三：公司内部管理规定或政策：有些公司可能出于内部管理需要，对在职证明的出具和使用有特定的规定或政策。如果员工未按照这些规定或政策获取在职证明，公司可能因此不认可。然而，这种情况下，公司的不认可行为是否合法，取决于这些规定或政策是否违反了法律法规的强制性规定。如果规定或政策合法有效，且员工确实违反了相关规定，那么公司的不认可行为可能是合法的；反之，则可能构成违法。

3. 员工应对策略：

   • 核实在职证明内容：如果公司不认可在职证明，员工应首先核实在职证明上的内容是否真实准确。如果发现内容有误，应及时与公司沟通并更正。
   • 了解公司规定或政策：员工应了解公司关于在职证明出具和使用的规定或政策，确保自己按照规定或政策获取在职证明。
   • 寻求法律援助：如果员工认为公司的不认可行为违法或侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。

总结与建议：

• 在职证明作为劳动关系存在的一种证明形式，只要其内容真实且符合法定形式，即具有法律效力。
• 公司不认可在职证明的原因可能多种多样，员工应首先核实在职证明的内容和出具程序是否合法合规。
• 如果员工认为公司的不认可行为违法或侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向相关机构申请调解或仲裁。

如有任何进一步的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。