公司给员工上保险时，费用是否从工资中扣除，这主要取决于保险的类型以及公司与员工之间的约定。
对于社会保险，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，其费用分担方式如下：
养老保险、医疗保险和失业保险：
- 这三种保险的费用是由用人单位和职工共同承担的。
- 具体来说，个人缴纳部分通常会从员工工资中代扣代缴。例如，养老保险个人缴纳比例大约为8%（各地可能略有差异），医疗保险个人缴纳比例一般在2%左右，失业保险个人缴纳比例则在0.3%至1%之间。
工伤保险和生育保险：
- 这两种保险的费用完全由用人单位承担，员工个人无需缴纳。
对于补充商业保险，其费用承担方式则更加灵活：
- 补充商业保险的费用承担需根据企业与员工的约定以及保险合同的规定来确定。
- 有些企业会将其作为福利全额承担，而有些则可能要求员工分担一部分费用。
此外，扣费合法性与透明度也是非常重要的：
- 用人单位在扣费前应明确告知员工，并与员工协商同意后才能执行。
- 如果公司未经员工同意就擅自扣除工资来购买保险，这是不合法的行为，员工有权向相关部门投诉并维护自己的合法权益。
综上所述，公司在给员工购买保险时，会对于社会保险中的部分险种从员工工资中代扣代缴员工应承担的费用；而对于完全由公司承担的险种以及补充商业保险的费用，则需根据公司与员工的约定及保险合同来确定。在任何情况下，公司都应确保员工的知情权，并征得员工的同意后再进行扣费操作。