关于您提出的“怀孕请假超过三个月是否可以开除”的问题，这是一个涉及劳动法与女职工特殊保护的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，明确结论：怀孕女职工请假超过三个月，并不必然导致被用人单位开除。这一结论基于法律对女职工在孕期的特殊保护，以及请假流程与规章制度遵守情况的考量。
一、法律保护基础
根据《劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期享有特殊的劳动保护权益。这些法律明确规定，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这一规定为怀孕女职工提供了坚实的法律后盾。
二、请假与劳动关系的存续
合法休假情形：
- 如果女职工怀孕请假是按照正规流程进行的，比如提前向用人单位提交了医院诊断证明、请假申请等合法手续，那么这种休假是合法的。
- 在此情况下，用人单位不能仅凭女职工请假超过三个月就开除她，因为这违反了法律对女职工的特殊保护规定。
违规旷工情形：
- 如果女职工请假未按公司规定的程序办理，比如未提交请假申请、未提供医院证明等，且长期旷工超过一定时间（如三个月），这可能构成严重违反用人单位规章制度的行为。
- 在这种情况下，用人单位有权依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，但必须确保操作严格符合法律程序，且女职工的违规行为确实达到了解除劳动合同的严重程度。
特殊病假情况：
- 若女职工因怀孕相关并发症等需要休长期病假，且已超过医疗期，同时既不能从事原工作也无法胜任另行安排的工作，用人单位在遵守相关法律法规的前提下，可以考虑解除劳动合同。
- 但在此过程中，用人单位必须确保女职工的合法权益得到充分保障，比如支付相应的经济补偿、提供必要的医疗协助等。
三、争议解决与法律救济
沟通协商：
- 对于怀孕的女职工而言，如果因特殊原因需要长时间请假，建议提前与用人单位进行充分沟通，说明情况并争取理解与支持。
- 通过沟通协商，双方可以共同寻找解决方案，避免不必要的法律纠纷。
了解权益：
- 女职工应充分了解自己的法律权益和相关规定，确保在请假过程中不违反用人单位的规章制度。
- 同时，女职工也有权要求用人单位提供必要的劳动保护和福利待遇。
法律救济途径：
- 如果因请假问题发生争议，女职工可以通过多种法律途径维护自己的合法权益。
- 比如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。在维权过程中，女职工应保留好相关证据，以便证明自己的合法权益受到侵害。
赔偿责任：
- 如果用人单位违法开除怀孕女职工，女职工有权要求用人单位继续履行劳动合同并恢复劳动关系。
- 如果劳动合同已经不能继续履行或者女职工不要求继续履行的，用人单位应当按照经济补偿标准的二倍向女职工支付赔偿金。
综上所述，怀孕女职工请假超过三个月并不必然导致劳动关系的终止。关键在于女职工是否遵循了合法的请假流程以及是否严重违反了用人单位的规章制度。在处理此类问题时，应充分考虑女职工的特殊权益和法律规定，确保双方的合法权益都得到妥善保护。如果您或您身边的人遇到类似问题，建议及时咨询专业律师或相关劳动部门以获取更具体的法律帮助。