结论前置：自离扣三天工资是否合法，需结合具体情况判断，并非一概而论地合法或不合法。
一、法律原则与规定
劳动者享有劳动报酬权：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有取得劳动报酬的权利，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是法律赋予劳动者的基本权益，也是判断自离扣工资是否合法的重要依据。
用人单位的扣款权限受限：用人单位可以代扣劳动者工资的法定情形主要包括个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。除此之外，用人单位不得随意克扣劳动者工资，包括以自离为由扣除工资。
二、具体情况分析
规章制度明确且合法的情况：
- 如果用人单位的规章制度明确规定了员工自离需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，那么在符合法律规定的条件下（如扣除金额不超过法定标准，且未低于当地最低工资标准），这种扣款可能是合法的。但需注意，实践中很少有规章制度能完全满足这一条件，且即便满足，扣除工资也需以实际损失为限。
规章制度不明确或违法的情况：
- 如果用人单位没有明确的规章制度规定员工自离需要扣工资，或者规章制度本身存在违法之处（如未经民主程序制定、未向员工公示等），那么用人单位无权擅自扣除员工工资。在这种情况下，自离扣三天工资是不合法的。
实际损失赔偿的情况：
- 如果员工的自离行为给用人单位造成了实际经济损失（如招聘费用、培训费用、生产延误损失等），用人单位可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿必须以实际损失为限，且需要提供充分的证据支持。同时，扣除赔偿金时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。因此，即便员工自离给用人单位造成了损失，用人单位也不能随意扣除三天工资作为赔偿。
三、法律风险与后果
劳动纠纷风险增加：用人单位擅自扣除员工工资可能引发劳动纠纷，导致劳动仲裁或诉讼。一旦败诉，用人单位不仅需要补发工资，还可能面临支付赔偿金等法律责任。
损害企业声誉：不规范的用工管理会损害企业的社会形象和声誉，影响企业的长期发展。因此，用人单位在处理员工自离问题时，应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。
四、建议与维权途径
对于劳动者：
- 如果认为用人单位扣除工资的行为不合法，可以首先与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
- 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
- 如果投诉仍未解决问题，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
对于用人单位：
- 应制定合法有效的规章制度，明确员工自离的处理方式和经济处罚措施（如有），并确保这些规章制度已经过民主程序制定并向员工公示。
- 在处理员工自离问题时，应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。避免擅自扣除员工工资或采取其他不合法的处理方式。
综上所述，自离扣三天工资是否合法需结合具体情况判断。劳动者和用人单位在处理此类问题时都应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。