公司实行大小周工作制，在遵守《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的前提下，是合法的。不过，其合法性取决于多个关键因素，以下从不同角度为你详细分析：

一、核心法律依据与条件

1. 工时制度合规
   根据《劳动法》第三十六条，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时（国务院《职工工作时间的规定》进一步明确为每周40小时）。

   • 大小周合法性条件：需确保劳动者在大周（工作6天）与小周（工作5天）的交替中，平均每周工作时间不超过44小时。例如：
     
     • 大周工作6天，每日8小时，总工时48小时；
       
     • 小周工作5天，每日8小时，总工时40小时；
       
     • 两周平均工时为（48+40）÷2=44小时，符合法定标准。
       
   • 若超时：需依法支付加班费（详见下文“加班费支付”部分）。

2. 休息日保障
   根据《劳动法》第三十八条，用人单位必须保证劳动者每周至少休息1日。

   • 大小周合法性条件：无论大周还是小周，均需确保劳动者每周至少有1天完整休息。例如：
     
     • 大周可安排周日休息，小周可安排周六、周日休息；
       
     • 禁止连续两周均无休息日。

3. 员工同意与协商
   公司实施大小周前，需与员工充分协商并取得明确同意（可通过劳动合同、规章制度或集体协商确定）。

   • 法律后果：若未协商一致强行实施，可能构成未按照劳动合同约定提供劳动条件，员工有权依据《劳动合同法》第三十八条解除合同并主张经济补偿。

二、加班费支付标准

若大小周工作制导致劳动者实际工作时间超过法定标准，公司需按以下标准支付加班费：

1. 工作日延长工作时间：支付不低于工资的150%的工资报酬；
   
2. 休息日安排工作且无法补休：支付不低于工资的200%的工资报酬；
   
3. 法定休假日安排工作：支付不低于工资的300%的工资报酬。
   

示例计算：
假设劳动者月工资为8000元（日工资≈8000÷21.75≈367.82元），大周工作6天且无补休：

• 休息日加班费=367.82×200%×1天=735.64元。

三、特殊行业或企业的例外情形

1. 特殊工时制度审批
   对因生产经营特点需实行不定时工作制或综合计算工时工作制的企业（如交通、餐饮行业），需经劳动行政部门审批。

   • 合法性条件：审批通过后，可突破标准工时限制，但需确保劳动者平均工时和休息权益符合法定标准。

2. 避免违反其他劳动法规
   除工时和休息日外，公司还需遵守《劳动法》关于劳动报酬、劳动安全卫生、社会保险等方面的规定。例如：

   • 不得因实行大小周而降低劳动者工资水平；
     
   • 需依法为劳动者缴纳社会保险。

四、实务建议

1. 制度设计阶段：

   • 测算大小周下的平均周工时，确保不超44小时；
     
   • 明确休息日安排（如大周休周日、小周休周六日）；
     
   • 通过民主程序（如职工代表大会）与员工协商并留存书面记录。

2. 实施阶段：

   • 严格记录考勤，避免超时工作未计加班费；
     
   • 定期自查制度合规性，防范劳动纠纷风险。

3. 争议处理：

   • 若员工主张大小周违法，公司需举证证明已满足工时、休息日、加班费支付等条件；
     
   • 建议保留工资条、考勤记录、协商记录等证据。

总结：公司实行大小周工作制本身不违法，但需以“保障劳动者权益”为核心，严格遵守工时、休息日、加班费支付等规定。若你所在公司计划实施或已实施大小周，可进一步向我咨询具体合规方案。