结论前置：劳动合同中约定的大小周工作制是否合法，主要取决于实际执行中是否违反了《中华人民共和国劳动法》关于工作时间和休息日的规定。具体来说，需评估平均每周工作时间是否超过44小时，以及超出部分或休息日工作是否依法支付了加班费或安排了调休。
合法情况分析
工时计算合规：
- 若大小周工作制下，劳动者的平均每周工作时间未超过44小时（例如，大周工作6天，每天7小时，共42小时；小周工作5天，每天7小时，共35小时。两周总工作时长为77小时，平均每周工作时长为38.5小时），且用人单位保证了劳动者每周至少有一天的休息日，并按时支付正常工资，则这种工作制是合法的。
加班与调休安排：
- 对于超出每周44小时的工作时间，用人单位应依法支付加班费（不低于工资的百分之一百五十）或安排调休。若在休息日（如小周的周六）安排工作且已安排补休或支付了不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费，则同样符合法律规定。
违法情况分析
工时超标：
- 若大小周工作制导致平均每周工作时间超过44小时，且超出部分未依法支付加班费，则违反《劳动法》的相关规定。
休息日权益受损：
- 若在休息日（如小周的周六）安排工作且未安排补休，也未支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费，同样构成违法。
劳动合同中的体现与注意事项
明确工作制度：
- 在劳动合同中应明确标注“大小周工作制”，并解释其含义（如隔周周六上班），确保劳动者对工作制度有清晰的了解。
具体工作日安排：
- 列出每周固定工作日（如周一至周五），说明大小周交替周期（如单周工作5天，双周工作6天），并明确周六上班的月份范围（若全年实施则无需特别说明）。
加班与调休规则：
- 明确周六工作是否计入加班时间，调休方式（如集中调休/分散调休），以及未调休的补偿标准（如加班费计算基数）。
合法性审查与薪酬匹配：
- 确保每日工作时间不超过8小时、每周累计不超过40小时（含周六，若周六工作则需计入总工时），避免违反《劳动法》第四十一条关于延长工作时间的限制。同时，若周六未计加班费，需在合同中注明该时段工资已包含在月薪中，或通过岗位津贴等形式体现。
劳动者权益保护与建议
了解权益：
- 劳动者有权了解自己的工作时间和休息权益，包括每日和每周的工作时间限制、休息日安排以及加班费的支付标准等。
拒绝违法安排：
- 劳动者有权拒绝超出法定工作时间的工作安排，并可向当地劳动监察部门投诉举报企业违法行为。
寻求法律援助：
- 若劳动者发现用人单位违反劳动法规定，可及时寻求法律援助或通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：大小周工作制本身并不直接违反劳动法，关键在于其具体实施方式是否符合法律规定。用人单位在实施大小周工作制前，应仔细计算平均每周工作时间，并确保不违反工时限制；同时，对于超出部分或休息日工作，应依法支付加班费或安排调休。劳动者在面对大小周工作安排时，应了解自己的合法权益，并在必要时寻求法律援助或向相关部门投诉以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。