公司让员工签综合工时制，在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

一、综合工时制的定义与适用范围

综合工时制，即综合计算工时工作制，是指用人单位因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需安排职工连续作业，无法实行标准工时制，而采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。它主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。

二、综合工时制的合法性条件

1. 行业与岗位符合规定：

   • 并非所有行业和岗位都适用综合工时制。只有那些因工作性质特殊或受季节和自然条件限制，确实需要连续作业或无法实行标准工时制的行业和岗位，才能申请实行综合工时制。

2. 经过劳动行政部门批准：

   • 实行综合工时制必须经过劳动行政部门的批准。用人单位需向劳动行政部门提出申请，并提交相关材料，如行业特点、工作性质、岗位情况等，以证明实行综合工时制的必要性和合理性。劳动行政部门在审核后，会作出是否批准的决定。

3. 保障职工休息休假权利：

   • 即使实行综合工时制，用人单位也必须保障职工的休息休假权利。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。同时，用人单位应确保职工在综合计算周期内的总实际工作时间不超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班工资。

三、公司让员工签综合工时制的注意事项

1. 明确告知与协商：

   • 公司在让员工签订综合工时制合同时，应明确告知员工综合工时制的特点、适用范围、工作时间安排以及加班工资支付等事项，并与员工进行充分协商，确保员工在充分了解的基础上自愿签订。

2. 合同内容合法合规：

   • 综合工时制合同的内容应合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。合同中应明确约定综合计算周期、工作时间安排、加班工资支付等关键条款，以避免后续纠纷。

3. 及时备案与公示：

   • 公司在实行综合工时制后，应及时将相关情况向劳动行政部门备案，并在公司内部进行公示，以便员工了解和监督。

四、违法实行综合工时制的后果

如果公司未经劳动行政部门批准，擅自实行综合工时制，或者违反综合工时制的相关规定，如未保障职工休息休假权利、未按规定支付加班工资等，将可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。同时，员工也有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

总结与建议：公司让员工签综合工时制在符合法定条件和程序的情况下是合法的。但公司在实行综合工时制时，应确保行业与岗位符合规定、经过劳动行政部门批准、保障职工休息休假权利，并明确告知与协商、确保合同内容合法合规、及时备案与公示。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。