结论：公司只是怀疑你吃回扣但没有证据的情况下，公安局一般不会立案。
分析说明：
立案的基本条件：
- 公安局立案通常需要满足一定的条件，即存在犯罪事实且需要追究刑事责任。这通常意味着需要有足够的证据来支持对犯罪嫌疑人的指控。
- 在没有证据的情况下，公安局无法确认是否存在犯罪事实，因此一般不会轻易立案。
证据的重要性：
- 证据是刑事诉讼中的核心要素，它决定了案件的走向和结果。没有证据，就无法形成完整的证据链，也就无法证明犯罪嫌疑人的罪行。
- 在公司怀疑员工吃回扣的情况下，如果公司无法提供确凿的证据，如转账记录、聊天记录、证人证言等，那么公安局很难仅凭怀疑就立案调查。
公司的权利与义务：
- 公司有权对员工的行为进行监督和管理，如果怀疑员工有违法行为，可以采取内部调查或向相关部门举报。
- 但同时，公司也有义务提供充分的证据来支持其指控。如果公司无法提供证据，那么其指控可能被视为无根据的，公安局也不会因此立案。
可能的法律后果：
- 如果公司无端怀疑并散布员工吃回扣的谣言，可能会侵犯员工的名誉权，员工有权要求公司承担相应的法律责任。
- 如果公司确实掌握了部分证据但不足以立案，可以考虑通过民事途径解决，如提起诉讼要求员工返还不当得利等。
建议与行动：
如果你被公司怀疑吃回扣：
- 首先保持冷静，不要惊慌失措。
- 与公司沟通，了解怀疑的具体原因和依据，并尝试提供合理的解释和证据来澄清自己的清白。
- 如果公司无法提供确凿的证据，你可以要求公司停止无端怀疑和散布谣言，并保留追究其法律责任的权利。
如果公司坚持指控并可能采取进一步行动：
- 你可以考虑咨询专业律师（即我，王浩宇律师，专注于劳动纠纷等领域），了解自己的法律权益和可能的应对策略。
- 根据律师的建议，你可以选择与公司进行协商、调解或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。
额外提醒：在任何情况下，保持诚信和遵守法律法规都是非常重要的。如果你确实存在不当行为，应该主动承认并承担相应的法律责任。但如果你被无端怀疑，也要勇敢站出来维护自己的权益。