针对您提出的“员工私自收款不上交”这一问题，这确实是一个需要严肃对待的情况，它不仅关乎公司的经济利益，也涉及到法律层面的责任。以下是我从民事、刑事及公司管理三个层面为您提供的详细分析和建议：
一、民事层面
不当得利处理：员工在没有合法依据的情况下私自收取公司款项，这构成了不当得利。公司完全有权要求该员工返还所收款项，并可以要求赔偿因此产生的损失，比如资金占用期间的利息等。
劳动合同与规章制度：员工此行为很可能违反了与公司签订的劳动合同或公司内部的规章制度，特别是关于财务流程的规定。公司可以依据这些合同或规章对员工进行相应的处罚，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同，并要求其赔偿因违规行为给公司造成的经济损失。
二、刑事层面
职务侵占罪：如果员工利用其职务上的便利，将公司财物非法占为己有，并且数额达到较大标准（通常起点为六万元），那么该员工可能构成职务侵占罪。一旦罪名成立，将面临五年以下有期徒刑或拘役的处罚，如果数额巨大，处罚将更为严厉。
挪用资金罪：如果员工并非以非法占有为目的，而是将款项挪用归个人使用或借贷给他人，且数额较大且超过三个月未还，或者用于营利活动、非法活动，那么该员工可能构成挪用资金罪。根据情节的轻重，将面临三年以下有期徒刑或拘役至十年以上有期徒刑的处罚。
三、公司管理层面
立即展开调查：公司应迅速启动内部调查程序，收集所有与该事件相关的证据，确保这些证据的真实性、完整性和合法性，为后续的处理提供有力支持。
实施纪律处分：根据公司内部的规章制度，对违规员工进行相应的纪律处分，如警告、罚款、停职检查或解雇等，以维护公司的纪律和秩序。
法律追诉：如果员工的行为涉嫌犯罪，公司应立即向公安机关报案，并考虑通过民事诉讼或仲裁等法律途径追回被私吞的资金，维护公司的合法权益。
建立预防机制：为了避免类似事件的再次发生，公司应加强内部控制和管理制度的建设，确保财务制度的严密性；同时，加强员工的培训和教育，提高他们的法律意识和职业道德水平；建立有效的监督机制，定期对员工的工作进行检查和审计，及时发现和纠正问题。
综上所述，处理员工私自收款不上交的问题时，公司应综合考虑民事、刑事及公司管理三个层面的措施，既要坚决维护公司的合法权益，又要确保处理过程符合法律法规和道德规范。通过加强内部控制和管理制度建设，预防类似事件的再次发生，确保公司的健康稳定发展。