试用期三个月后被延迟转正是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的情况
劳动合同或规章制度有明确约定：
- 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了在特定情形下可延长试用期，且延长后的总试用期时长未超过法律规定的上限（如三年期劳动合同约定试用期三个月，因员工未达到转正条件而延长一个月，总试用期不超过六个月），则延迟转正合法。
员工同意协商变更：
- 若公司与员工就延迟转正进行了充分沟通，并取得了员工的书面同意，这种基于双方协商一致的变更行为具有法律效力，也是合法的。例如，员工因个人原因（如需要进一步学习或适应岗位）主动提出延长试用期，并与公司达成一致。
二、不合法的情况
超出法定试用期上限：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。若延迟转正导致试用期总时长超出了法律规定的上限，则属于违法行为。例如，一年期劳动合同最初约定试用期一个月，后无故推迟两个月转正，导致试用期变为三个月，超出了法律规定的一年期劳动合同试用期上限。
缺乏合理理由和证据：
- 若公司没有合理的理由（如员工实际工作表现良好，已达到转正条件）却无故延迟转正，或虽声称员工未达标但无法提供充分有效的考核证据来支持，则延迟转正不合法。在这种情况下，员工有权拒绝延迟转正，并要求公司按照原约定办理转正手续。
未与员工协商一致：
- 试用期是劳动合同中的特殊阶段，其变更（包括延长）应遵循协商一致的原则。若公司未经员工同意，单方面决定延迟转正，则这种行为是违法的。员工有权向公司提出异议，并要求公司按照原约定执行。
三、劳动者的权益保护
- 拒绝非法延迟转正：若公司提出非法延迟转正的要求，劳动者有权拒绝，并可以向公司表明自己的立场和依据。
- 投诉与仲裁：若公司坚持非法延迟转正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、试用期约定书、沟通记录等，以便在必要时进行维权。
- 寻求法律帮助：在处理此类纠纷时，劳动者可以寻求专业律师的帮助，以更好地了解自己的权益和维权途径。
总结与建议：试用期三个月后被延迟转正是否合法，取决于多种因素，包括劳动合同或规章制度的约定、员工的同意情况、法定试用期的上限以及公司是否有合理理由和证据等。作为劳动者，应了解自己的权益和法律规定，并在遇到非法延迟转正的情况时及时采取措施进行维权。若对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。