司机入职只签协议，这种做法是否合法，需视协议的具体内容及是否符合劳动合同法的相关规定而定。以下从多个角度进行分析：

1. 协议内容符合劳动合同法规定：

   • 如果所签的协议实质上具备了劳动合同的必备条款，如工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、社会保险等，并且双方自愿、平等地签订，那么这份协议在法律上可以被视为劳动合同，是合法的。
   • 在这种情况下，即使协议名称不是“劳动合同”，只要其内容符合劳动合同法的规定，就具有劳动合同的效力。

2. 协议内容不符合劳动合同法规定：

   • 如果所签的协议缺乏劳动合同的必备条款，或者存在违反法律法规的强制性规定（如低于最低工资标准、不缴纳社会保险等），那么这份协议可能被视为无效或部分无效。
   • 在这种情况下，司机有权要求用人单位签订正式的劳动合同，并享受劳动合同法规定的各项权益。如果用人单位拒绝，司机可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 未签订书面劳动合同的法律后果：

   • 根据劳动合同法的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
   • 如果用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。

法律建议：

• 对于司机而言，在入职时应仔细审查所签协议的内容，确保其符合劳动合同法的规定。如果协议内容存在疑问或不明确之处，应及时向用人单位提出并要求修改。
• 如果用人单位拒绝签订正式的劳动合同或提供的协议内容违法，司机有权拒绝签订并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

可能面临的法律后果：

• 如果司机与用人单位只签订了不符合规定的协议，且未享受劳动合同法规定的权益，司机可能面临工资拖欠、社会保险缺失等风险。
• 用人单位则可能面临支付双倍工资、被责令补缴社会保险等法律后果。

综上所述，司机入职只签协议是否合法，取决于协议的具体内容及是否符合劳动合同法的相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。