结论：超休扣除公休是否合理，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及超休的性质和原因等。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度与劳动合同约定：
- 公司规章制度：如果公司有明确的规章制度，规定了超休的处理方式，包括扣除公休等，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，或者已经告知员工，那么公司按照规章制度执行是合理的。
- 劳动合同约定：劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确约定了超休的处理方式，包括扣除公休等，那么公司按照劳动合同约定执行也是合理的。
超休的性质和原因：
- 无故超休：如果员工无故超休，即没有合理的理由或未经公司批准擅自超休，那么公司扣除公休作为处罚措施，在一定程度上是合理的。但需要注意的是，处罚措施应当合理且符合法律法规的规定，不能过度处罚。
- 有因超休：如果员工超休是因为合理的理由，如生病、家庭紧急事务等，并且已经按照公司规定履行了请假手续，那么公司扣除公休可能就不合理了。在这种情况下，公司应当考虑员工的实际情况，给予合理的理解和支持。
法律法规的遵循：
- 公司在处理超休问题时，必须遵循相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。这些法律法规对员工的休息休假权利、公司的规章制度制定和执行等方面都有明确的规定。公司不能违反法律法规的规定，擅自扣除员工的公休或采取其他不合理的处罚措施。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司扣除公休不合理，可以先与公司进行沟通协商，了解公司的具体规定和理由，并尝试寻求合理的解决方案。如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在制定和执行规章制度时，应当遵循法律法规的规定，确保规章制度的合法性和合理性。同时，在处理超休等问题时，应当考虑员工的实际情况和合理需求，给予合理的理解和支持，避免过度处罚或侵犯员工的合法权益。
可能后果：
- 如果公司扣除公休的行为被认定为不合理或违法，可能会面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决，要求公司恢复员工的公休或给予相应的经济补偿。
- 如果员工因为公司扣除公休而提起诉讼或申请仲裁，公司可能需要承担相应的法律责任和诉讼费用。
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