结论：女职工在签完离职协议后才发现已怀孕，能否恢复劳动关系需根据具体情况判断。若离职协议的签订存在重大误解或用人单位明知女职工怀孕仍诱导其签订，女职工有权要求恢复劳动关系或获得相应赔偿。

一、法律规定与分析

1. 协商解除劳动合同的效力

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致可以解除劳动合同。但这一行为并不免除用人单位对孕期女职工的特殊保护义务。

2. 孕期女职工的特殊保护

   • 《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。虽然这并不直接排除双方协商一致解除劳动合同的可能性，但协商过程必须确保不存在欺诈、胁迫或重大误解。

3. 重大误解的认定

   • 若女职工在签订离职协议时不知自己已怀孕，且这一事实对其真实意思表示产生了重大影响，那么可能构成重大误解。在此情况下，女职工有权请求撤销离职协议。

二、处理方式与策略

1. 尝试与用人单位协商

   • 主动沟通：女职工应立即告知用人单位自己怀孕的情况，并请求恢复劳动关系。在沟通过程中，强调法律对孕期女职工的特殊保护。
   • 提供证据：提交医疗证明（如医院诊断报告）以证实怀孕事实和时间，增加协商的成功率。
   • 法律与情理并重：在协商过程中，既要阐述法律保护，也要考虑用人单位的实际情况，争取双方的理解和支持。

2. 法律途径维权

   • 劳动仲裁：若协商无果，女职工可以在一年内申请劳动仲裁，请求撤销离职协议并恢复劳动关系或要求赔偿。在仲裁过程中，需要提供充分的证据证明离职协议的签订存在重大误解或用人单位存在过错。
   • 诉讼：对仲裁裁决不服时，女职工可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自身权益。在诉讼过程中，法院会综合考虑协商过程、双方过错、是否存在欺诈或胁迫等因素来作出判决。

3. 赔偿情况

   • 继续履行合同：若女职工选择继续履行劳动合同，用人单位应按正常工资标准支付工资，并承担相应的社会保险费用。
   • 经济赔偿：若劳动合同无法继续履行或女职工选择不继续履行，可以要求用人单位支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿标准的二倍，具体数额需根据女职工的工作年限、工资水平等因素来确定。

三、司法实践中的考量因素

• 具体情况分析：法院或仲裁机构在审理此类案件时，会综合考虑协商过程的具体情况、双方过错程度、是否存在欺诈或胁迫等因素来作出判决。
• 利益平衡：在保护女职工合法权益的同时，法院或仲裁机构也会考虑用人单位的合法利益和生产经营秩序，力求做到利益平衡。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：女职工应妥善保存协商过程的录音、书面协议、工资条、辞退通知等关键证据，以便在维权过程中提供有力的支持。
2. 了解权益：女职工应充分了解相关法律法规，明确自己的权益和维权途径，避免在协商或维权过程中处于被动地位。

示例说明：假设女职工小李在不知自己已怀孕的情况下与用人单位签订了离职协议。后来，小李发现自己怀孕并立即告知了用人单位，同时提交了医疗证明。若用人单位拒绝恢复劳动关系，小李可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。在仲裁或诉讼过程中，小李需要提供充分的证据证明离职协议的签订存在重大误解或用人单位存在过错。

最后，面对这种情况，女职工应保持冷静，积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。