面对发票已开但对方公司未支付款项的情况，您完全有权通过法律途径来维护自己的合法权益。以下是我为您详细梳理的应对步骤和法律依据：
一、法律依据与权利主张
发票的法律效力：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票是交易款项支付的重要凭证。您已开具发票，即表明您已履行了交易中的一部分义务，对方公司有义务按照约定支付款项。
违约行为的法律责任：
- 依据《中华人民共和国民法典》，当一方不履行合同义务或履行合同义务不符合约定时，应承担违约责任。对方公司未支付款项，即构成违约，您有权要求其支付未付的款项，并可能要求其支付违约金或赔偿损失。
二、应对措施
友好协商：
- 首先，尝试与对方公司进行友好协商，了解对方不付款的原因，并明确指出您已按约定提供发票，要求对方履行付款义务。
发送催款函：
- 若协商无果，可向对方发送正式的催款函件，详细列明欠款事实、金额、发票开具情况及付款期限，并告知逾期将采取进一步法律行动。催款函应通过邮寄、电子邮件等方式发送，并保存好发送记录。
准备证据，提起诉讼：
- 在协商和催款均无效的情况下，您应准备充分的证据材料向法院提起诉讼。证据包括但不限于合同、发票、交易记录、交货凭证、服务确认单、沟通记录（如邮件、短信、微信聊天记录等）以及催款函及回复等。
- 确定管辖法院时，可根据《民事诉讼法》及相关司法解释的规定选择被告住所地或合同履行地法院。若合同中有约定管辖法院，则按约定执行。
申请强制执行：
- 若获得胜诉判决但对方仍不履行付款义务，您可向法院申请强制执行，通过法律手段强制对方支付款项。
三、预防措施与风险防范
加强合同管理：
- 在未来的交易中，建议明确约定付款时间、方式、违约责任等相关条款，特别是针对先开发票后付款的交易方式应更加谨慎，并在合同中作出相应安排。
保留交易凭证：
- 确保所有交易凭证（如合同、发票、送货单、验收单等）都得到妥善保存，以备不时之需。
信用调查评估：
- 对于大额交易或长期合作项目，建议进行信用调查和评估，以降低潜在交易风险。
四、特别提醒
- 诉讼时效：根据我国民事诉讼法的相关规定，诉讼时效为三年，自权利受到损害之日起算。因此，务必在发票开出后的三年内提起诉讼，并保留好相关证据以证明对方的欠款事实。
- 发票合规性：确保所提供的发票符合《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，避免因发票不合规而影响诉讼结果。
综上所述，面对发票已开但对方公司未支付款项的情况，您应先尝试友好协商和发送催款函；若无效，则应及时准备证据并向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。同时，也要注意加强合同管理和风险防范措施以避免类似问题再次发生。