结论：原协议已约定扣除的管理费，在《建工司法解释二》实施后，并不必然导致该约定无效。是否主张该约定无效，需结合具体情形和法律规定进行综合判断。

分析：

1. 合同自治原则：

   • 合同是双方当事人意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定为有效。因此，原协议中关于扣除管理费的约定，如果是在双方平等、自愿、协商一致的基础上达成的，且没有违反相关法律法规的强制性规定，那么该约定就是有效的。

2. 《建工司法解释二》的相关规定：

   • 《建工司法解释二》主要规范的是建设工程施工合同纠纷中的相关问题，如工程价款的结算、工期延误的责任等。它并没有直接规定管理费扣除的约定是否有效。因此，不能简单地因为《建工司法解释二》的实施，就认为原协议中关于管理费扣除的约定无效。

3. 可能主张约定无效的情形：

   • 如果管理费的扣除违反了法律法规的强制性规定，比如涉及非法转包、违法分包等情形，那么该约定可能因违法而无效。
   • 如果管理费的扣除明显违背了公平、等价有偿的原则，导致双方权利义务严重失衡，那么该约定也可能因显失公平而被撤销或认定无效。但这种情况需要具体的证据和事实来支持，不能仅凭主观臆断。

4. 法律建议：

   • 如果您认为原协议中关于管理费扣除的约定存在无效的情形，建议您首先收集相关证据，如合同文本、交易记录、沟通记录等，以证明您的主张。
   • 然后，您可以咨询专业律师（即我，匡嘉鑫律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），对您的证据和主张进行法律评估和分析。
   • 最后，根据律师的建议和评估结果，您可以决定是否向法院提起诉讼或采取其他法律措施来维护您的合法权益。

后续行动建议：

• 在采取任何法律行动之前，请务必咨询专业律师（即我）以获取准确的法律意见和指导。
• 准备好所有相关的证据和文件，以便在需要时能够迅速提供给律师或法院。
• 保持与对方的沟通，尽量通过协商解决争议，以减少不必要的法律成本和风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。