工程转包合同中扣除30%管理费的约定无效时，该部分费用不应扣除，结算时应按照实际完成的工程量及合同约定的计价方式进行。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同无效条款的处理

1. 无效约定的法律后果：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。在工程转包合同中，如果扣除30%管理费的约定违反了相关法律法规（如因转包本身违法导致相关约定也违法），则该约定无效。
2. 无效约定的处理原则：一旦约定被认定为无效，该部分费用就不应再从工程款中扣除。结算时，应基于实际完成的工程量和合同约定的有效计价方式进行。

二. 工程款的结算

1. 参照合同约定：虽然扣除管理费的约定无效，但工程款的结算仍应参照合同中的其他有效条款进行。《中华人民共和国民法典》第七百九十三条也提到，即使建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
2. 实际工程量：结算的关键在于实际完成的工程量。双方应依据施工图纸、施工记录等文件，确认实际完成的工程量，并据此进行结算。

三. 后续处理建议

1. 协商处理：双方可首先尝试通过协商，就工程款的结算达成一致。考虑到扣除管理费的约定无效，双方应就如何合理调整结算方式展开讨论。
2. 法律途径：如协商无果，承包人可依法向法院提起诉讼，请求确认扣除管理费的约定无效，并要求按照实际完成的工程量和合同约定的有效计价方式进行结算。

综上所述，工程转包合同中扣除30%管理费的约定无效时，该部分费用不应从工程款中扣除。双方应参照合同中的有效条款和实际完成的工程量进行结算。如有进一步需要，您可以继续咨询我。