结论：协议书中“三缺一”的情况能否申请仲裁，需根据具体缺失内容及协议性质来判断，若缺失内容影响协议履行或存在争议，通常可以申请仲裁；若缺失内容不影响协议核心条款且无争议，则可能无法申请仲裁或仲裁意义不大。

一、从协议内容完整性角度分析

1. 关键条款缺失：

   • 如果协议书中“三缺一”指的是关键条款（如劳动报酬、工作内容、工作地点、工作时间、休息休假、社会保险等）的缺失，且这些缺失条款直接影响到劳动者的权益或协议的履行，那么劳动者有权就这些缺失条款引发的争议申请仲裁。
   • 例如，若协议中未明确劳动报酬，劳动者可以就劳动报酬的确定、支付方式等争议申请仲裁。

2. 非关键条款缺失：

   • 如果缺失的是一些非关键条款，如协议中的某些附加条款或说明性条款，且这些条款的缺失不影响协议的整体履行和劳动者的主要权益，那么劳动者可能无法就这些缺失条款单独申请仲裁。
   • 但若这些非关键条款的缺失导致了协议履行中的误解或争议，劳动者仍可以就争议部分申请仲裁。

二、从协议性质角度分析

1. 劳动合同：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中存在“三缺一”的情况，且缺失内容涉及劳动者的核心权益，劳动者可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

2. 其他类型协议：

   • 如果是其他类型的协议（如劳务协议、实习协议等），且协议中存在“三缺一”的情况，劳动者或协议另一方是否可以申请仲裁，需根据协议的具体内容、性质以及双方之间的约定来判断。
   • 一般来说，如果协议中明确约定了争议解决方式为仲裁，且缺失内容引发了争议，那么双方可以依据协议约定申请仲裁。

三、从仲裁申请条件角度分析

1. 存在争议：

   • 申请仲裁的前提是存在争议。如果协议书中“三缺一”的情况并未引发任何争议，或者双方对缺失内容已经达成了一致意见，那么就没有申请仲裁的必要。

2. 仲裁协议或条款：

   • 如果协议中明确约定了仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，那么当协议履行中出现争议时，双方可以依据仲裁条款或协议向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

四、建议与提醒

1. 审查协议内容：

   • 在签订协议前，劳动者应仔细审查协议内容，确保所有关键条款都已明确约定，避免出现“三缺一”的情况。

2. 及时沟通协商：

   • 如果发现协议中存在缺失条款或争议点，劳动者应及时与用人单位沟通协商，寻求解决方案。

3. 保留证据：

   • 在协议履行过程中，劳动者应保留好相关证据（如工作记录、工资单、沟通记录等），以便在发生争议时能够证明自己的权益。

4. 咨询专业律师：

   • 如果劳动者对协议内容或仲裁申请流程有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。