合同签订有瑕疵，仍然有可能申请仲裁，但关键在于合同中是否约定了有效且符合法律规定的仲裁条款。以下从不同角度为您详细分析：
一、可以申请仲裁的情况
存在有效的仲裁协议：
- 如果合同中明确约定了仲裁条款，或者纠纷发生前后双方达成了仲裁协议，并且该仲裁协议满足法律规定的有效要件（如明确约定仲裁事项、选定仲裁委员会、双方具备民事行为能力、意思表示真实等），那么当事人可以依据此仲裁协议向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 法律依据：根据《中华人民共和国仲裁法》第十九条，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。同时，《民法典》第五百零七条也强调，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。
- 举例：甲乙双方在货物买卖合同中虽部分条款约定不清晰，但明确约定了“如双方就本合同发生争议，提交XX仲裁委员会仲裁解决”，则任何一方均可依此仲裁条款向XX仲裁委员会申请仲裁。
仲裁条款的独立性：
- 仲裁条款具有独立性，即使合同存在条款不完整、约定不明确等其他方面的欠缺，只要仲裁条款本身有效，仲裁机构仍有权对争议进行裁决。
二、不能申请仲裁或可能影响仲裁的情况
缺乏仲裁协议：
- 若合同中未约定仲裁条款，或约定通过诉讼等方式解决纠纷，则当事人不能通过仲裁方式解决争议，应寻求协商、调解、诉讼等其他合法途径。
合同欠缺严重：
- 如果合同欠缺情况严重，导致无法履行或无法确定双方的权利义务，这可能会影响仲裁的进行。在此情况下，可能需要先对合同的欠缺进行补充或修正，以确定可仲裁的事项和范围。例如，合同中未明确约定双方的权利义务，导致争议无法明确界定，仲裁机构可能难以作出裁决。
三、法律建议
审查合同：
- 在签订合同时，务必仔细审查合同条款，确保仲裁协议（如有）的明确性和有效性。如果合同存在瑕疵，应及时与对方协商补充或修正，以避免后续争议。
咨询专业律师：
- 如果您对合同中的仲裁条款或合同的整体效力存在疑问，建议及时咨询专业律师。作为马海东律师，我专注于合同纠纷等领域，可以为您提供专业的法律意见和帮助。
保留证据：
- 在合同履行过程中，务必保留好相关证据，如合同文本、交易记录、沟通记录等。这些证据在后续争议解决中可能起到关键作用。
总结来说，合同签订有瑕疵并不意味着不能申请仲裁，关键在于合同中是否约定了有效且符合法律规定的仲裁条款。如果存在有效的仲裁协议，当事人可以依法申请仲裁；如果不存在，则需要考虑其他争议解决方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。