结论：已经履约后的水利工程合同，因价款结算问题双方又签署结算补充协议，这一行为本身并不违规。但具体是否合规，还需结合补充协议的内容、签署过程及双方的真实意图等因素进行综合判断。
分析说明：
合同变更的合法性：
- 在合同履行过程中，双方因价款结算等事宜产生分歧，进而通过签署补充协议来明确或调整原合同中的相关条款，这是合同变更的一种常见形式。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以在协商一致的基础上，对合同的内容进行变更或补充。因此，从法律层面讲，签署结算补充协议是合法的。
补充协议的内容要求：
- 补充协议的内容应当明确、具体，且不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
- 如果补充协议中涉及对原合同价款的重大调整，或者存在其他可能损害一方合法权益的条款，那么该补充协议的效力可能会受到质疑。
签署过程的合规性：
- 补充协议的签署应当遵循自愿、公平、诚实信用的原则，双方应当在充分了解协议内容的基础上，自愿签署。
- 如果一方在签署补充协议时存在欺诈、胁迫等情形，或者双方对协议内容存在重大误解，那么该补充协议可能会被撤销或认定为无效。
实际履行中的注意事项：
- 在签署补充协议后，双方应当按照协议约定的内容履行各自的义务。
- 如果一方未按照补充协议的约定履行义务，另一方有权要求其承担违约责任，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果原水利工程合同中已经明确约定了价款结算的方式和时间，且双方在履行过程中未出现争议，那么后续签署的结算补充协议应当是对原合同条款的明确或细化，而非根本性变更。这种情况下，补充协议的合规性通常较高。
- 如果原合同中存在模糊或不明确的地方，导致双方在价款结算上产生分歧，那么通过签署补充协议来明确双方的权利和义务，是一种合理的解决方式。但需要注意的是，补充协议的内容应当尽可能具体、明确，以避免后续再次产生争议。
行动建议：
- 在签署结算补充协议前，建议双方充分沟通、协商，确保协议内容明确、具体，且符合双方的真实意图。
- 如果对补充协议的内容或效力存在疑问，可以寻求专业律师的帮助，对协议进行审查或提供法律意见。
- 在签署补充协议后，双方应当严格按照协议约定履行各自的义务，以维护合同的稳定性和双方的合法权益。
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