工程合同三年后签订补充合同，在符合法定条件且内容合法的前提下，是合规的。以下从不同角度为你详细分析：

合法性角度

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。工程合同双方在平等、自愿的基础上，有权对原合同内容进行变更或补充，签订补充合同。只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该补充合同就是合法有效的。
2. 合同变更的合法性：工程合同在履行过程中，可能会因为各种原因（如设计变更、工程量增减、市场价格波动等）需要对原合同的内容进行调整。此时，双方通过签订补充合同的方式对原合同进行变更，是符合法律规定的。只要补充合同的内容明确、具体，且双方对变更的内容达成一致意见，该补充合同就具有法律效力。

时效性角度

1. 诉讼时效与合同效力：工程合同三年后签订补充合同，并不直接涉及诉讼时效的问题。诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的法律制度。而合同效力是指合同是否具有法律效力，能否产生法律约束力。只要补充合同签订时，双方均具有相应的民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该补充合同就自成立时生效，不受诉讼时效的限制。
2. 长期合同的履行与变更：对于一些履行期限较长的工程合同，如基础设施建设合同等，双方在合同履行过程中可能会根据实际情况对合同内容进行多次变更或补充。只要这些变更或补充是合法、合理的，且双方均同意并签署了相应的补充合同，那么这些补充合同就是有效的，对双方均具有法律约束力。

实际操作角度

1. 补充合同的内容：在签订补充合同时，双方应明确补充合同的内容，包括变更或补充的具体条款、变更的原因、变更后的权利义务等。同时，双方还应对补充合同的签订时间、地点、签署人等信息进行明确约定，以确保补充合同的合法性和有效性。
2. 书面形式的要求：根据《中华人民共和国民法典》的规定，法律、行政法规规定或者当事人约定采用书面形式订立合同，当事人未采用书面形式但一方已经履行主要义务，对方接受的，该合同成立。然而，在工程合同领域，由于合同金额较大、履行期限较长、涉及利益复杂等因素，建议双方在签订补充合同时采用书面形式，并由双方签字或盖章确认，以避免后续可能出现的纠纷。

风险提示

1. 无效补充合同的风险：如果补充合同的内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么该补充合同将被认定为无效合同。此时，双方将无法依据补充合同的内容主张权利或履行义务，甚至可能面临法律责任。
2. 纠纷解决的风险：如果双方在补充合同的履行过程中发生纠纷，且无法通过协商解决，那么双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。此时，补充合同的内容将成为判断双方权利义务的重要依据。因此，在签订补充合同时，双方应充分考虑可能出现的纠纷情况，并在补充合同中明确约定纠纷解决的方式和程序。

建议：在工程合同三年后签订补充合同时，双方应充分了解相关法律法规的规定，确保补充合同的内容合法、合理。同时，双方还应明确补充合同的内容、签订时间、地点、签署人等信息，并采用书面形式签署补充合同。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。