核心结论：工程合同无效但双方已同意结算的，处理方式需分情况讨论，主要取决于结算协议的效力及工程是否验收合格。以下是具体分析：

1. 结算协议独立有效时的处理
   根据《民法典》第七百九十三条及司法解释规定，即使工程合同无效，若双方已就工程价款达成独立结算协议，且该协议不存在欺诈、胁迫、显失公平等法定无效情形，结算协议仍具有法律效力。此时，双方应按结算协议履行付款义务，法院也会支持按结算金额主张工程款。
   例外情形：若结算协议存在重大误解或显失公平（如结算价远低于实际成本），受损方可依据《民法典》第一百四十七条、第一百五十一条请求撤销或变更协议。

2. 工程验收合格时的处理
   若工程已验收合格，即使合同无效，承包人仍有权参照合同约定主张工程款（即“折价补偿”）。此时若双方已结算，结算金额通常视为双方对折价补偿的合意，法院会优先按结算金额支持诉求。但若结算金额明显偏离合同约定或市场价，法院可能结合鉴定结论调整。

3. 工程未验收合格时的处理
   若工程未验收合格，承包人无权主张工程款，但可要求发包人支付已完工部分的合理费用（如材料费、人工费）。此时若双方已结算，需审查结算协议是否包含对质量问题的处理（如扣减修复费用）。若未处理，发包人可另行主张质量赔偿。

4. 结算协议被认定无效时的处理
   若结算协议因存在恶意串通、损害第三方利益等情形被认定无效，则需按实际工程量重新结算。此时可委托第三方机构鉴定工程价款，或参照合同约定、市场价等因素综合确定。

实务建议：

• 对发包人：结算后仍需保留工程验收、质量检测等证据，以防承包人以合同无效为由主张额外费用；
  
• 对承包人：结算时应明确约定“结算金额为最终价款，双方放弃其他主张”，并留存发包人确认工程合格的证据。
  

若涉及具体案件细节（如结算协议条款、工程验收情况等），可进一步向我说明，我会结合证据为您分析风险点。