在建设工程施工合同纠纷中，如果合同的结算条款失效或无法适用，工程款的结算可以参照以下原则和方法进行：
参照合同约定折价补偿：
- 根据《民法典》第七百九十三条的规定，即使建设工程施工合同无效，但如果建设工程经验收合格，可以参照合同中关于工程价款的约定进行折价补偿。这意味着，尽管合同本身无效，但双方在合同中约定的价款结算方式仍具有一定的参考价值。
按照实际完成工程量结算：
- 如果合同无法适用，且没有其他明确的结算依据，双方可以根据实际完成的工程量进行结算。这通常涉及对已完成工程的测量、评估和计价，以确定应支付的工程款金额。在实际操作中，这可能需要委托专业的工程造价咨询机构进行评估和计算。
考虑修复费用：
- 如果建设工程经验收不合格，但经过修复后验收合格，发包人可以请求承包人承担修复费用。这部分费用应从工程款中扣除或另行支付，具体取决于双方协商和合同约定（尽管此时合同可能已无效，但修复费用的承担原则仍可参考）。
协商与调解：
- 在结算过程中，双方应首先尝试通过协商达成一致。如果协商无果，可以考虑通过调解解决争议。调解可以由第三方机构或个人主持，帮助双方达成妥协和解决方案。
仲裁或诉讼：
- 如果协商和调解均无法解决争议，双方可以根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议，将争议提交仲裁机构进行裁决。如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求法院对工程款结算问题进行判决。
在处理此类纠纷时，还需要注意以下几点：
- 及时固定证据：包括但不限于施工合同、施工图纸、变更通知、验收报告、结算文件等，这些证据对于确定工程款金额和结算方式至关重要。
- 遵循法定程序：在结算过程中，应遵循相关的法律法规和程序要求，确保结算的合法性和有效性。
- 考虑专业意见：由于建设工程施工合同纠纷涉及复杂的法律和技术问题，建议双方在处理过程中咨询专业律师和工程造价咨询机构的意见。
举例说明：
假设一个建设工程施工合同因违反法律法规而无效，但工程已经施工完毕且经验收合格。此时，双方可以参照原合同中关于工程价款的约定进行折价补偿。如果原合同中没有明确的价款约定或约定无法适用，双方可以根据实际完成的工程量进行结算，并委托专业的工程造价咨询机构进行评估和计算。最终，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议并确定工程款金额。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您在建设工程施工合同纠纷方面还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。