当合同被认定为无效时，其中关于结算的条款处理是一个需要细致考虑的问题，尤其是在建设工程施工合同这类特定场景下。以下是对此问题的详细解答：
一、基本原则
根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，即便建设工程施工合同被认定为无效，但如果建设工程已经竣工并且验收合格，承包人仍然有权请求参照合同中的约定来支付工程价款。这一原则的设计，旨在保护承包人在合同无效情况下的合法权益，确保其劳动成果能够得到应有的回报。
二、具体处理方式
验收合格的情形：
- 承包人可以明确请求参照合同中的约定来支付工程价款。这意味着，尽管合同本身无效，但只要工程质量达标并通过了验收，发包方就必须按照合同中约定的支付方式和金额来向承包方支付工程款。
- 如果双方在工程款数额上存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等多种方式来解决。在诉讼过程中，法院可能会委托专业的鉴定机构对工程质量和造价进行详细的鉴定，以确定一个合理且公正的工程款数额。
验收不合格的情形：
- 如果建设工程在修复后能够通过验收，那么发包人可以请求承包人承担修复费用，并仍然参照合同约定支付工程价款。这既体现了对承包人施工质量的严格要求，也保障了发包人的合法权益不受损害。
- 如果修复后的建设工程仍然无法通过验收，那么承包人将无权请求参照合同关于工程价款的约定进行折价补偿。在这种情况下，承包人可能需要承担因施工质量问题给发包人造成的所有损失。
特殊情形的处理：
- 在某些特殊情况下，如当事人就同一建设工程订立了数份合同且均无效，但建设工程质量合格，那么一方当事人可以请求参照实际履行的合同关于工程价款的约定进行折价补偿。如果无法确定哪份合同是实际履行的，那么可以参照最后签订的合同关于工程价款的约定来折价补偿承包人。
- 对于因转包、违法分包等导致合同无效的情况，实际施工人有权以转包人、违法分包人为被告起诉要求支付工程款。如果发包人在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任，那么实际施工人也可以将发包人列为共同被告或第三人。
三、注意事项
证据收集与保存：在处理合同无效且涉及工程款结算的纠纷时，证据的收集和保存至关重要。承包人应妥善保管与工程施工相关的所有文件、记录、照片等证据材料，以便在需要时能够充分证明自己的权益。
及时主张权利：一旦发现合同可能无效或存在纠纷隐患，承包人应及时采取措施主张自己的权利。这包括与发包方进行积极沟通协商、寻求专业法律意见以及必要时提起诉讼或仲裁等。
遵循法定程序：在处理此类纠纷时，必须严格遵循法定的程序和规定。例如，在提起诉讼前应先尝试通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷；在诉讼过程中应遵守法院的审理规则和程序要求等，以确保自己的权益得到最大程度的保护。