对于水利工程设计变更后是否需要签订补充协议的问题，这主要取决于原合同对于此类情况是否有明确的计价条款或相关规定。

首先，我们需要明确什么是工程变更。工程变更是指在工程项目实施过程中，因各种原因导致原设计或施工方案在材料、工艺、功能、尺寸、技术指标、工程数量及施工方法等方面发生的改变。这种改变可能是由地质原因引起的设计更改，也可能是根据实际情况引起的结构物尺寸、标高的更改，或者是合同工作内容的增减等。

当水利工程发生设计变更时，如果原合同中没有对此类变更的计价方式、责任分配等进行明确约定，或者原有条款不完善、不足以覆盖变更后的情况，那么为了明确双方的权利和义务，避免后续产生纠纷，建议还是另行签订补充协议。

补充协议可以对变更后的工程内容、价款、工期、质量标准、责任分配等进行详细约定，以确保双方对于变更后的工程有明确的了解和预期。同时，签订补充协议也有助于保护双方的合法权益，为工程的顺利进行提供法律保障。

因此，水利工程设计变更后是否需要签订补充协议，应根据原合同的具体内容和变更后的实际情况来判断。如果原合同没有相关规定或规定不完善，建议双方协商后签订补充协议，以明确各自的权利和义务。