建设工程补充协议可以在审计后签订，但需注意相关法律风险和程序要求。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从合同签订自由原则角度

• 根据《民法典》合同编的相关规定，当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。这意味着，在建设工程领域，双方当事人有权根据自身需求和实际情况，协商一致后签订补充协议。审计并非签订补充协议的前置法定程序，因此，从合同签订自由的角度来看，建设工程补充协议可以在审计后签订。

2. 从审计对合同影响角度

• 审计是对建设工程项目的财务收支、经济效益等进行审查和监督的活动。虽然审计结果可能对建设工程的结算、支付等产生影响，但它并不直接决定补充协议的签订。然而，在实际操作中，为了确保补充协议的内容与审计结果相符，避免后续纠纷，双方当事人可能会选择在审计完成后签订补充协议。这样，补充协议可以更加准确地反映建设工程的实际情况，包括工程量、工程价款等关键内容。

3. 从法律风险防范角度

• 尽管建设工程补充协议可以在审计后签订，但双方当事人仍需注意法律风险防范。一方面，要确保补充协议的内容合法合规，不违反法律法规的强制性规定；另一方面，要明确补充协议与原合同的关系，以及补充协议对双方权利义务的影响。此外，为了保障自身权益，双方当事人还可以在补充协议中约定争议解决方式、违约责任等条款。

4. 从实际操作建议角度

• 在签订建设工程补充协议前，双方当事人应充分沟通协商，明确补充协议的目的、内容和范围。同时，要对原合同进行全面审查，确保补充协议与原合同的一致性和协调性。如果可能的话，建议双方当事人在签订补充协议前咨询专业律师的意见，以确保补充协议的合法性和有效性。

综上所述，建设工程补充协议可以在审计后签订，但双方当事人需注意相关法律风险和程序要求。如果你有关于建设工程补充协议或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。