结论：企业间在执行人民法院生效判决过程中，以免开增值税发票折抵执行款的行为是不合法的。
法律背景与解释：
增值税发票的开具义务：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规定，销售货物或者提供应税劳务的纳税人，在发生应税销售行为时，有义务向购买方开具增值税专用发票或普通发票。这是法定的义务，不得随意免除或折抵。
执行款的性质与支付方式：
- 执行款是人民法院生效判决确定的，被执行人应当支付给申请执行人的款项。其支付方式应当符合法律法规的规定，通常是通过银行转账、现金支付等合法方式进行。
- 免开增值税发票折抵执行款，实际上是一种变相的逃避税收和发票管理义务的行为，这种支付方式不符合法律法规的规定。
税收与发票管理的严肃性：
- 税收是国家财政收入的重要来源，发票是税收管理的重要手段。任何逃避税收和发票管理义务的行为，都是对国家税收制度的破坏，也是违法的。
- 免开增值税发票折抵执行款，可能导致国家税收的流失，损害国家利益，同时也可能给申请执行人带来税务风险。
法律建议与后果：
- 建议：企业间在执行人民法院生效判决时，应当严格遵守法律法规的规定，按照判决确定的金额和支付方式履行义务。如果确实存在困难或争议，应当通过合法途径解决，如协商、调解或申请再审等，而不是采取免开增值税发票等违法方式折抵执行款。
- 后果：如果企业采取免开增值税发票折抵执行款的方式，一旦被发现，将可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。同时，这种行为也可能影响企业的信用记录，对企业的经营和发展产生不利影响。
特殊情况说明：
- 在极少数特殊情况下，如果双方当事人能够达成合法有效的协议，并且该协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么可能存在某种形式的折抵或抵销。但是，这种折抵或抵销必须严格符合法律法规的规定，并且通常需要经过税务机关的认可或备案。在大多数情况下，免开增值税发票折抵执行款并不符合这些条件，因此是不合法的。
综上所述，企业间在执行人民法院生效判决过程中，以免开增值税发票折抵执行款的行为是不合法的。企业应当严格遵守法律法规的规定，履行自己的义务，避免采取违法方式解决问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。