针对您提出的事业单位员工自动离职且单位未按照合法程序处理，您想要了解如何维权的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、明确自动离职的性质与单位可能存在的违规
自动离职通常指的是员工在未获得单位批准的情况下，擅自离开工作岗位并且持续一定时间，或者未按照规定的程序办理离职手续。如果单位在处理员工自动离职时，没有遵循合法的程序，比如未发出书面通知、未进行协商处理、未按照规定进行人事争议仲裁等，那么单位的行为可能构成违规。
二、您可采取的维权途径
内部申诉与沟通：
- 首先，您可以尝试与单位进行内部沟通，明确指出单位在处理您自动离职问题上的违规之处，并要求单位按照合法程序重新处理。
- 如果单位拒绝沟通或处理不当，您可以进一步向单位的上级主管部门或相关监管机构进行申诉。
人事争议仲裁：
- 如果离职过程中涉及工资结算、福利待遇、人事档案转移等争议，且单位未按照合法程序处理，您可以根据《人事争议处理规定》，向人事争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在申请仲裁时，您需要提供相关证据，如劳动合同、离职证明、单位违规处理的证据等，以支持您的仲裁请求。
民事诉讼（在特定情况下）：
- 如果单位的行为给您造成了重大经济损失，如项目延误、客户流失等，并且这些损失与单位的违规处理有直接因果关系，您可以在符合起诉条件的情况下，通过民事诉讼途径追究单位的赔偿责任。
- 但需要注意的是，民事诉讼通常适用于员工给单位造成损失的情况，而您作为自动离职的员工，要证明单位违规处理给您造成损失可能较为困难，因此这一途径需要谨慎考虑。
三、处理流程与注意事项
收集证据：
- 在维权过程中，证据是关键。您需要收集与劳动合同、离职过程、单位违规处理等相关的所有证据，包括书面通知、聊天记录、邮件、证人证言等。
了解时效性：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，您需要在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提起仲裁申请。
寻求专业法律意见：
- 维权过程可能涉及复杂的法律问题，因此建议您在必要时寻求专业律师的法律意见，以确保您的权益得到充分保护。
综上所述，如果事业单位在处理您自动离职问题时未按照合法程序进行，您可以通过内部申诉与沟通、人事争议仲裁以及在特定情况下的民事诉讼等途径来维权。在维权过程中，请务必注意收集证据、了解时效性，并在必要时寻求专业法律意见。