结论：上班吃饭扣时间是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法合理以及是否经过民主程序制定并公示。以下从不同角度详细分析：
公司规章制度合法合理且经过民主程序制定并公示的情况
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 分析：如果公司规章制度中明确规定了吃饭时间不计入工作时间，并且该规章制度是经过民主程序制定并公示的，那么公司扣除吃饭时间可能是合法的。因为这种情况下，公司已经履行了告知义务，劳动者在签订劳动合同时应当视为已经接受该条款。
- 建议：劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读公司规章制度，特别是关于工作时间和休息休假的部分，确保自己了解并接受相关条款。
公司规章制度未经过民主程序制定或未公示的情况
- 法律背景：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，如果公司规章制度未经过民主程序制定或未公示，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。
- 分析：在这种情况下，公司扣除吃饭时间可能缺乏合法依据。因为劳动者没有机会了解并接受该条款，公司不能单方面改变工作时间计算方式。
- 建议：如果劳动者发现公司规章制度未经过民主程序制定或未公示，且公司因此扣除吃饭时间，劳动者可以向公司提出异议，并要求公司按照实际工作时间支付工资。如果公司拒绝改正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
特殊情况下的考虑
- 法律背景：在某些特殊情况下，如劳动者从事的是不定时工作制或综合计算工时工作制，工作时间和休息休假的安排可能更加灵活。
- 分析：对于实行不定时工作制或综合计算工时工作制的劳动者，公司可能不需要严格按照每天8小时的标准来计算工作时间。在这种情况下，公司扣除吃饭时间是否合法，需要根据具体的工时制度和劳动合同来确定。
- 建议：实行特殊工时制度的劳动者应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的工作时间和休息休假安排。如果对公司扣除吃饭时间的做法有疑问，可以向公司人力资源部门或当地劳动监察部门咨询。
进一步思考：劳动者在面对公司扣除吃饭时间的情况时，应首先了解自己的工作时间和休息休假安排是否符合法律法规和公司规章制度。如果发现公司存在违法行为或不合理做法，劳动者应积极维护自己的合法权益，通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来解决问题。同时，劳动者也应保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在需要时提供证明。
最后：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。