结论：厂里以办理焊工证为由在离职时扣工资，一般是不合法的。不过，具体是否合法还需结合实际情况判断，下面为你详细分析。

从法律规定角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。

厂里为员工办理焊工证，这通常属于用人单位为了满足生产经营需要、提升员工技能而进行的投入。从本质上来说，这是用人单位的一项义务或者说是为了自身利益而采取的措施，不应该将办理证件的费用转嫁到员工身上，更不能以办理证件为由在离职时扣工资。

特殊情况分析

1. 双方有明确约定且合法合理
   • 如果在入职时，劳动者与用人单位在平等自愿、协商一致的基础上，签订了书面劳动合同，并且在合同中明确约定了员工离职时，若厂里为其办理了焊工证，需要从工资中扣除相应费用，同时该费用的扣除标准合理合法（例如扣除的费用不超过实际办理证件的成本），那么这种情况下厂里的行为可能是合法的。
   • 举例来说，厂里为办理焊工证花费了 1000 元，在劳动合同中明确约定员工离职时若未服务满一定期限（比如 3 年），需要按照未服务年限的比例承担办理证件的费用，员工未服务满 3 年离职，按照约定应承担 500 元费用，厂里从工资中扣除 500 元，这种扣除就是合法合理的。
2. 厂里存在违规操作
   • 如果厂里在办理焊工证的过程中存在违规行为，比如通过不正当途径办理证件，收取了高额的“办理费”，远超正常办理证件的成本，然后以各种理由在离职时从员工工资中扣除，这种行为肯定是不合法的。
   • 另外，如果厂里没有与员工就办理焊工证及离职扣工资事宜进行任何约定，却在离职时擅自扣工资，这也是违反法律规定的。

法律建议

如果厂里存在不合法扣工资的行为，你可以采取以下措施：

1. 与厂里协商：首先可以尝试与厂里的相关负责人进行沟通，说明法律规定，要求厂里返还被扣除的工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对厂里的违法行为进行调查处理。
3. 申请劳动仲裁：你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请仲裁时，你需要提供相关的证据，如劳动合同、工资条、扣工资的证明等。

如果你还有其他关于劳动工伤方面的问题，比如工资计算、工伤认定等，都可以直接向我咨询。