结论：工程借款前在人民法院已经起诉的违约赔偿，在工程款结算后是否可以继续主张，这主要取决于违约赔偿请求与工程款结算之间的法律关系以及相关证据的保留情况。以下从不同角度进行分析：

1. 违约赔偿与工程款结算的独立性：

   • 违约赔偿是基于合同一方违反合同约定而应承担的法律责任，其请求权基础在于合同法的相关规定。
   • 工程款结算是基于工程实际完成情况，按照合同约定或法律规定进行的款项支付行为。
   • 两者在法律上具有相对独立性。即使工程款已经结算，如果违约行为确实存在且未得到妥善处理，违约赔偿的请求权并不因此消灭。

2. 继续主张违约赔偿的条件：

   • 证据保留：要继续主张违约赔偿，首先需要保留好与违约行为相关的证据，如合同、违约通知、损失证明等。这些证据是支持违约赔偿请求的关键。
   • 诉讼时效：需要注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。如果违约赔偿请求在诉讼时效期间内提出，且证据充分，那么法院可能会支持该请求。
   • 结算协议内容：如果工程款结算协议中明确约定了违约赔偿的处理方式，如“双方就本工程所有款项已结清，包括但不限于工程款、违约金等”，那么这可能构成对违约赔偿请求权的放弃或限制。在这种情况下，继续主张违约赔偿可能会面临法律障碍。

3. 实际操作建议：

   • 审查结算协议：在工程款结算后，如果希望继续主张违约赔偿，首先应仔细审查结算协议的内容，确认其中是否包含对违约赔偿的处理条款。
   • 收集证据：如果结算协议中未涉及违约赔偿或未明确放弃违约赔偿请求权，那么应尽快收集与违约行为相关的证据，以备不时之需。
   • 咨询专业律师：由于法律问题的复杂性和专业性，建议在继续主张违约赔偿前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助制定合适的诉讼策略。

举例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份建设工程合同，约定由乙公司负责施工。在施工过程中，乙公司存在违约行为，如未按约定时间完成工程、工程质量不达标等。甲公司在工程借款前已向人民法院起诉乙公司要求违约赔偿。后来，双方进行了工程款结算，但结算协议中未明确提及违约赔偿的处理方式。在这种情况下，甲公司仍然有权继续主张违约赔偿，但需要保留好相关证据，并在诉讼时效期间内提出请求。

法律后果：如果甲公司能够提供充分证据证明乙公司的违约行为，并且该请求在诉讼时效期间内提出，那么法院可能会判决乙公司承担违约赔偿责任。反之，如果甲公司无法提供充分证据或请求已超过诉讼时效期间，那么其违约赔偿请求可能会被法院驳回。

综上所述，工程借款前在人民法院已经起诉的违约赔偿，在工程款结算后是否可以继续主张，取决于多种因素。如果有相关法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。