被告在原告主张工程款的案件中，确实可以就违约责任提出反诉，但需满足一定条件。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、反诉的法律依据与条件

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，被告在原告提起的诉讼中，有权提出与本诉有牵连的独立的反请求，即反诉。在建设工程合同纠纷中，若被告认为原告在合同履行过程中存在违约行为，并因此给被告造成了损失，被告可以在原告主张工程款的案件中提出反诉，要求原告承担违约责任。

反诉的条件主要包括：

1. 反诉与本诉有牵连关系：即反诉的请求与本诉的请求基于同一法律关系或同一事实而产生。在建设工程合同纠纷中，若原告主张工程款，而被告认为原告在施工过程中存在违约行为（如工程质量不达标、工期延误等），导致被告遭受损失，此时反诉与本诉即具有牵连关系。
2. 反诉应在举证期限届满前提出：被告需在法院规定的举证期限内提出反诉，以确保反诉的合法性和有效性。
3. 反诉需符合起诉条件：即反诉的请求需明确、具体，且属于法院受理范围，同时被告需具备诉讼主体资格等。

二、反诉的具体情形与法律后果

1. 工程质量问题：若被告认为原告施工的工程质量不达标，导致被告需要额外投入资金进行修复或整改，被告可以在反诉中要求原告承担修复费用或赔偿损失。
2. 工期延误问题：若原告因自身原因导致工期延误，给被告造成了经济损失（如租金损失、利润损失等），被告可以在反诉中要求原告赔偿这些损失。
3. 其他违约行为：如原告未按照合同约定提供材料、设备或技术等，导致被告遭受损失的，被告同样可以在反诉中要求原告承担违约责任。

法律后果：若法院认定原告存在违约行为，并支持被告的反诉请求，原告将需要承担相应的违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。这将直接影响原告在原诉中主张的工程款金额，甚至可能导致原告无法获得全部或部分工程款。

三、实务建议

1. 及时提出反诉：被告应在举证期限届满前及时提出反诉，并提交相关证据材料，以确保反诉的合法性和有效性。
2. 充分准备证据：被告需充分准备与反诉请求相关的证据材料，如合同、施工记录、验收报告、损失计算依据等，以支持其反诉请求。
3. 寻求专业法律帮助：由于建设工程合同纠纷涉及复杂的法律关系和专业知识，被告在提出反诉前应寻求专业律师的帮助，以确保反诉的合法性和有效性。

总结来说，被告在原告主张工程款的案件中，可以就违约责任提出反诉，但需满足反诉的条件，并充分准备证据材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。