结论：公司不定时工作制许可下来但员工不知情，一般不能直接适用不定时工作制，公司需履行告知义务并确保符合法定条件，否则可能面临法律风险。以下从不同角度详细分析：
一、不定时工作制的适用条件与告知义务
不定时工作制是一种特殊工时制度，其适用需满足法定条件，并通常需经过劳动行政部门的审批。根据相关法律法规，公司实行不定时工作制，应当事先与劳动者协商一致，并告知劳动者具体的工作安排和休息休假办法。这是保障劳动者知情权、参与权的重要体现。
若公司未履行告知义务，即使获得了不定时工作制的许可，也不能直接对不知情的员工适用该制度。因为，不定时工作制的实施涉及到劳动者的工作时间、休息休假、劳动报酬等核心权益，劳动者有权了解并同意相关安排。
二、公司未告知的法律后果
劳动仲裁风险：若公司未告知员工不定时工作制的实施情况，员工可能因此认为公司违反了劳动合同或相关法律法规，从而向劳动仲裁机构提起仲裁申请。在仲裁过程中，公司需承担举证责任，证明其已履行告知义务且不定时工作制的实施符合法定条件。若公司无法提供充分证据，可能面临败诉风险。
经济补偿责任：根据《劳动合同法》等相关规定，若公司因未履行告知义务导致员工权益受损，员工有权要求公司承担经济补偿责任。具体补偿金额需根据员工受损情况、公司过错程度等因素综合确定。
三、员工应对策略与建议
了解自身权益：员工应主动了解不定时工作制的相关法律法规和政策规定，明确自身在工作时间、休息休假、劳动报酬等方面的权益。
与公司沟通协商：若员工发现公司未告知不定时工作制的实施情况，应及时与公司沟通协商，要求公司履行告知义务并明确具体的工作安排和休息休假办法。
保留证据并维权：若公司拒绝履行告知义务或侵犯员工权益，员工应保留相关证据（如劳动合同、工作记录、沟通记录等），并向劳动仲裁机构提起仲裁申请或向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
四、公司合规建议
完善内部管理制度：公司应建立健全内部管理制度，明确不定时工作制的实施条件、程序、告知义务等关键内容，确保制度合法合规。
加强员工培训与沟通：公司应加强对员工的培训与沟通，确保员工了解不定时工作制的相关规定和自身权益，增强员工的法律意识和维权能力。
及时履行告知义务：公司在获得不定时工作制许可后，应及时向员工履行告知义务，明确具体的工作安排和休息休假办法，并征得员工同意。
总结：公司不定时工作制许可下来但员工不知情时，不能直接适用该制度。公司需履行告知义务并确保符合法定条件，否则可能面临劳动仲裁风险和经济补偿责任。员工应了解自身权益并积极维权，公司则应完善内部管理制度并加强员工培训与沟通。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。