结论：员工年中离职但当年年休假已经休完的，用人单位通常不能按实际在岗天数折算扣回已休年假。这是基于现行法律法规对劳动者带薪年休假权益的保护，以下从法律依据、特殊情形处理、实务建议三个角度展开分析：

一、法律依据：已休年假不可扣回的强制性规定

根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条：

用人单位与职工解除或终止劳动合同时，若当年已安排职工休满年休假，多于折算应休天数的部分不再扣回。

该条款明确了两点核心规则：

1. 折算仅针对未休年假：若员工离职时已休年假天数≥按实际在岗天数折算的应休天数，用人单位无权要求返还或扣减工资；
2. 折算公式：应休未休天数=（当年度在岗日历天数÷365天）×全年应享年假天数-已休天数。若结果为负数或零，则无需任何处理。

示例：
员工A全年应享年假5天，于6月30日离职（在岗181天），已休年假5天。
折算应休天数=（181÷365）×5≈2.48天，取整后为2天。
因已休5天＞应休2天，超出部分（3天）用人单位不得扣回。

二、特殊情形：极少数情况下可能扣回的条件

仅当满足以下全部条件时，用人单位可扣回多休年假：

1. 员工因严重违纪被辞退（如盗窃、旷工等符合《劳动合同法》第三十九条的情形）；
2. 公司规章制度明确规定：多休年假按事假处理并扣除工资，且该制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
3. 员工实际多休年假：即已休天数＞按实际在岗天数折算的应休天数。

示例：
员工B因严重违反公司规章制度被辞退，全年应享年假10天，于9月30日离职（在岗273天），已休年假12天。
折算应休天数=（273÷365）×10≈7.48天，取整后为7天。
因已休12天＞应休7天，超出部分（5天）公司可按事假扣除工资，但需举证制度合法性及员工违纪事实。

三、实务建议：劳动者与用人单位的应对策略

对劳动者：

1. 保留休假证据：如请假单、考勤记录、工资条等，证明已休年假的合法性；
2. 拒绝违规扣减：若公司以“折算扣回”为由扣减工资，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
3. 离职时主动确认：在离职交接单中明确“年假已休完，无争议”，避免后续纠纷。

对用人单位：

1. 完善制度设计：若需对多休年假扣回，需在规章制度中明确条件（如违纪辞退情形）及程序（如民主公示），并确保与劳动合同一致；
2. 精准计算年假：在员工离职时，按《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条准确折算应休未休天数，避免误扣；
3. 协商优先：若员工多休年假系因公司安排（如集中休假），建议通过协商解决，而非直接扣减工资。

总结：在绝大多数情况下，员工年中离职时已休完的年假不可扣回，这是法律对劳动者休息权的强制保护。若用人单位主张扣回，需承担严格的举证责任（如制度合法性、员工违纪事实等）。劳动者若遇此类纠纷，可直接向我咨询具体维权方案。