员工离职时，已休的年假通常不会被扣回，这是员工的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第四十五条规定：“国家实行带薪年休假制度。劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。”这表明，只要劳动者符合连续工作一年以上的条件，就有权享受带薪年休假。
《职工带薪年休假条例》：
- 第二条明确了适用范围，即机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。
- 第五条规定了年休假天数的计算方式，以及对于应休未休年休假的处理（按日工资的300%支付报酬）。
《企业职工带薪年休假实施办法》：
- 第十二条规定：“用人单位与职工解除或者终止劳动合同时，当年度未安排职工休满应休年休假天数的，应当按照职工当年已工作时间折算应休未休年休假天数并支付未休年休假工资报酬，但折算后不足1整天的部分不支付未休年休假工资报酬。”这一规定表明，如果员工在离职时还有未休的年假，单位应当支付相应的未休年休假工资报酬；反之，如果员工已经休完了年假，单位则无权扣回。
二、具体情形分析
正常离职情形：
- 员工按照法律规定或劳动合同约定的程序提出离职，并已休完应享受的年假，这是员工依法享有的权益。
- 用人单位不能以员工离职为由，扣回已休年假对应的工资或进行其他不合理的扣除。例如，员工在公司工作满一年后享受了5天年假，并在离职前休完，公司不得要求员工退回这5天年假的工资。
特殊情形下的处理：
- 多休年假：若员工离职时，当年已休年假天数超过了按其实际工作时间应休的年假天数，通常情况下，用人单位不会要求员工扣回多休的年假。但在某些特殊情况下，如员工因严重违反公司规章制度被辞退，且公司内部有合法有效的规章制度明确规定因此类原因被辞退的员工需扣回多休的年假（按事假处理并扣除相应工资），且该制度已经过民主程序制定并向员工公示，则用人单位可以按照此规定执行。不过，这种情况较为罕见，且必须满足严格的条件。
- 未休年假：如果员工在离职时还有未休的年假，单位应当按照法律规定支付相应的未休年休假工资报酬。
三、员工权益保障与建议
- 了解权益：年假是员工应得的休息权益，只要休假合规，离职时公司就无权扣回。
- 及时维权：如遇公司违规扣除年假工资或其他不合规操作，员工应及时向当地劳动部门投诉，以维护自己的合法权益。
- 入职了解：建议员工在入职时仔细了解公司的规章制度，特别是关于年假和离职的相关规定，以确保自己的权益不受侵害。
综上所述，员工离职时，已休的年假通常不会被扣回。这是由法律法规明确保障的。员工应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。