员工在职时多休了年假，公司通常是有权在后续进行相应处理的，但具体能否直接扣回需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
年假的性质与规定
年假是劳动者依法享有的带薪休假权利，根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，年假的天数根据员工的累计工作年限确定。员工在在职期间多休了年假，从法律性质上来说，若该多休部分并非公司基于特定原因（如员工特殊贡献、公司福利政策等）额外给予的，那么这部分多休的年假可能构成不当得利。不过，在职期间与离职时的情况略有不同，在职时公司一般不会立即采取扣回工资等激烈措施，而是可能会在后续的工资结算、绩效考核等方面进行综合考量。
多休年假的处理方式
- 协商调整：公司发现员工多休年假后，最稳妥的方式是与员工进行友好协商。比如，可以与员工沟通，说明多休年假的情况，并询问员工是否愿意在后续的工作中通过加班、调整休假计划等方式来弥补这部分多休的年假。这种方式既体现了公司对员工的尊重，也有利于维护良好的劳动关系。
- 扣除相应工资（需谨慎操作）：从理论上讲，如果公司能够证明员工多休的年假确实构成了不当得利，且公司规章制度中有明确规定多休年假需扣除相应工资，那么公司可以尝试扣除。但实际操作中需非常谨慎，因为《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”如果公司未经员工同意擅自扣除工资，可能会引发劳动纠纷。因此，即使要扣除工资，也应事先与员工达成书面协议，明确扣除的原因、金额和方式等。
- 要求返还已支付报酬（适用于特定情况）：若公司已经提前支付了多休年假的工资，且能够证明这部分支付属于不当得利，那么公司可以要求员工返还。但同样，这需要公司与员工进行充分沟通，并达成一致意见。如果员工拒绝返还，公司可能需要通过法律途径来解决。
法律依据与特殊情况
- 法律依据：除了上述提到的《中华人民共和国劳动法》第五十条外，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”这进一步强调了公司支付工资的义务，但并未排除因员工多休年假等合理原因而扣除相应工资的情况（需符合公司规章制度和法律法规）。
- 特殊情况处理：若公司与员工在劳动合同或规章制度中有特别约定（如允许员工在一定范围内预支年假），则应按约定执行。另外，如果因公司原因导致员工多休年假（如排班错误、管理疏忽等），公司可能需承担相应责任，而无法直接要求员工返还或扣除工资。
操作建议
- 核实年假天数：公司应建立完善的年假管理制度，定期核实员工的实际应享受年假天数和已休年假天数，以便及时发现多休年假的情况。
- 沟通协商：发现多休情况时，公司应及时与员工沟通并说明原因，争取通过友好协商的方式解决问题。
- 书面确认：如果双方就处理方式达成一致意见，应签订书面协议明确权利义务，以避免后续纠纷。
- 合法操作：公司在处理多休年假问题时，应确保所有操作都符合法律法规和公司制度的要求，避免因操作不当而引发劳动纠纷。
总之，员工在职时多休了年假，公司不能直接简单粗暴地扣回工资，而应通过协商、调整等方式来妥善处理。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。