结论前置：员工年初将全年年假休完后离职，单位通常无权扣回年假期间的工资，这种做法一般是不合法的。劳动者应依法维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、年假的性质与法律依据
年假是员工在连续工作一定年限后，根据《职工带薪年休假条例》及其实施办法享有的带薪休假权益。其目的在于保障员工的休息休假权利，提高工作积极性和效率。根据相关法律法规，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假，且在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，年假是法律赋予员工的法定福利，单位应当保证员工享受这一权利。
二、年假期间工资收入保障
依据《职工带薪年休假条例》第二条及《企业职工带薪年休假实施办法》第二条的规定，职工在年休假期间，其工资水平应与平时正常上班时保持一致，单位不得因员工休假而降低其工资标准或进行扣回。这是法律对员工权益的明确保障，单位必须遵守。
三、离职时年假的处理
员工离职时，对于已休的年假，单位通常不会进行扣回。若员工在离职时还有未休的年假，处理方式可能因公司政策而异，但一般应遵循以下原则：
员工可选择在离职前将剩余年假休完：这是最直接且常见的方式，员工可以在离职前与单位协商，安排剩余年假的休假时间。
若因工作原因未能休完，单位应根据相关政策支付未休年假的工资或与员工协商转换为其他福利：如果员工因工作原因无法在离职前休完剩余年假，单位应当按照法律规定支付相应的未休年休假工资报酬。这一报酬的计算方式通常基于员工日工资收入的一定比例（如300%），具体比例可能因地区和公司政策而异。但重要的是，单位不得因此扣回员工已休年假的工资。
四、单位扣工资的法律责任与应对措施
如果单位因员工休完年假后离职而扣工资，这种行为违反了《中华人民共和国劳动法》第五十条关于不得克扣或者无故拖欠劳动者工资的规定。员工可以采取以下措施来维护自己的权益：
与单位沟通协商：首先尝试与单位的人力资源部门或上级领导友好沟通，指出扣工资行为的不合法性，要求其纠正并足额支付工资。建议以书面形式（如邮件）记录沟通过程，保留相关证据。
向劳动监察部门投诉：若与单位协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉。投诉时需准备劳动合同、工资条、考勤记录、离职证明等相关证据，以证明单位存在不合理扣工资的事实。劳动监察部门有权对单位进行调查，并责令其改正违法行为。
申请劳动仲裁：若劳动监察部门的处理未能解决问题，员工还可向劳动仲裁机构申请仲裁。仲裁过程更具程序性和专业性，仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。在仲裁申请中，员工可明确要求单位支付被扣工资及可能因此造成的损失（如利息等）。
五、举例说明
以小李为例，其在某公司工作3年，按规定每年可享受5天年假。小李在年初已休完5天年假后提出辞职。根据前述法律法规，公司不得因小李辞职而扣回其已休的5天年假工资或以其他形式要求补偿。如果公司试图扣回工资，小李可以通过上述途径来维护自己的合法权益。
总结：综上所述，员工年初将全年年假休完后离职，单位无权扣回年假期间的工资。面对单位不合理扣工资的情况，员工应积极通过合法途径来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。