结论：民兵训练超时部分企业是否需要支付加班费，需根据具体情况判断，若民兵训练属于企业安排的与工作相关的活动，且超时部分符合加班认定条件，则企业应支付加班费；若民兵训练属于国家或地方组织的义务性活动，与企业工作无直接关联，则企业无需支付加班费。以下从不同角度详细分析：
一、民兵训练的性质与加班费的支付关系
企业安排的与工作相关的活动：
- 若民兵训练是企业根据工作需要，组织员工进行的与工作技能提升、安全培训等相关的活动，且该活动在正常工作时间之外进行，那么超时部分应视为加班。
- 根据《劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者在正常工作时间以外工作的，应支付加班费。加班费的具体计算标准根据加班时间和工资基数的不同而有所差异。
国家或地方组织的义务性活动：
- 若民兵训练是国家或地方根据国防需要，组织公民进行的义务性活动，且该活动与企业工作无直接关联，那么企业无需支付加班费。
- 在这种情况下，民兵训练被视为公民的义务，而非企业的工作安排，因此不适用加班费的支付规定。
二、加班费的认定条件
加班时间的认定：
- 加班时间通常指在正常工作时间之外，用人单位安排劳动者继续工作的时间。
- 对于民兵训练超时部分，若该时间被明确为工作时间之外，且劳动者确实参与了训练，则可认定为加班时间。
加班费的计算标准：
- 根据《劳动法》的规定，加班费的计算标准根据加班时间的不同而有所差异。
- 工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
三、实际操作中的建议
明确民兵训练的性质：
- 在参与民兵训练前，劳动者应了解该训练的性质，判断其是否与企业工作相关。
- 若训练与企业工作相关，且超时部分符合加班认定条件，劳动者可与企业协商支付加班费。
保留相关证据：
- 劳动者应保留参与民兵训练的相关证据，如训练通知、签到记录等，以证明其参与了训练且超时部分属于加班。
与企业协商或寻求法律援助：
- 若企业拒绝支付加班费，劳动者可先与企业协商解决。
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
最后，民兵训练超时部分企业是否需要支付加班费，需根据训练的性质、加班时间的认定以及加班费的计算标准等因素综合判断。若您对此有进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。