针对您提出的“员工故意拿走公司证件怎么处理”的问题，这实际上涉及到了用人单位与劳动者之间关于证件管理的法律问题，不过从常规理解来看，更可能是询问如果员工非法持有或故意拿走公司证件，公司应如何应对。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，员工无权非法持有或故意拿走公司的任何证件。公司证件，如营业执照、税务登记证、组织机构代码证等，是公司合法经营的重要凭证，其安全性和完整性对于公司的正常运营至关重要。
如果员工故意拿走了公司证件，公司可以采取以下措施：
立即与员工沟通：
- 尝试与员工进行直接沟通，了解其拿走证件的具体原因和动机。
- 明确告知员工，非法持有或故意拿走公司证件是违法行为，并要求其立即归还。
收集证据：
- 如果员工拒绝归还或无法联系到员工，公司应开始收集相关证据，如监控录像、证人证言等，以证明员工确实拿走了公司证件。
报警处理：
- 在收集到足够证据后，公司可以向当地公安机关报案，说明员工非法持有或故意拿走公司证件的情况。
- 公安机关将依法进行调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。
法律途径：
- 如果员工的行为给公司造成了经济损失或名誉损害，公司还可以考虑通过法律途径追究员工的法律责任。
- 这可能包括提起民事诉讼，要求员工赔偿损失，或者向劳动行政部门投诉，要求对员工进行行政处罚。
加强内部管理：
- 为了防止类似事件再次发生，公司应加强内部管理，完善证件管理制度。
- 例如，可以设立专门的证件管理岗位，负责证件的保管、发放和回收等工作；或者采用电子化管理方式，对证件的使用情况进行实时监控和记录。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条的规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。虽然这一条款主要针对的是用人单位扣押劳动者证件的情况，但同样可以引申为，员工非法持有或故意拿走公司证件也是违法的，应受到相应的法律制裁。
综上所述，如果员工故意拿走了公司证件，公司应立即与员工沟通、收集证据、报警处理，并考虑通过法律途径追究员工的法律责任。同时，公司也应加强内部管理，完善证件管理制度，以防止类似事件再次发生。