工资按天计算，并且按自然天数算，在符合法律法规规定且劳动合同或协议中有明确约定的情况下，是合法的。不过，在实际操作中，我们需要从多个角度来详细分析这一问题：

一、法律法规的视角

1. 工资计算方式的自主性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位有权依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这意味着，按天计算工资的方式在法律上是被允许的，只要该方式不违反法律法规的强制性规定。

2. 工资支付的形式与周期：

   • 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。这并不意味着按天计算工资违法，实际上，日工资的计算可以作为月度支付的基础。只要双方约定明确且符合法律法规，按天计算并按月支付工资是可行的。

二、工资计算方法的细节

1. 日工资的计算公式：

   • 通常，日工资的计算公式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 21.75（21.75是根据（365天-104天休息日）÷12个月计算出的平均每月工作天数）。但若按自然天数计算，则公式变为：日工资 = 月工资收入 ÷ 当月实际自然天数。需要注意的是，若按自然天数计算，需确保该计算方式不违反最低工资标准等法律规定，且需在劳动合同中明确约定。

2. 实际出勤的调整：

   • 当月实际出勤天数少于应出勤天数（若按自然天数算，则需考虑实际工作天数与约定工作天数的差异）时，应根据实际出勤情况，使用上述公式相应调整工资。但若按自然天数且未明确约定工作天数与工资挂钩的方式，则可能引发争议。

三、实际应用中的考量

1. 非全日制用工与临时性工作：

   • 在非全日制用工或临时性、季节性的工作中，按天计算工资非常常见且合法。例如，建筑行业中短期工程的临时工，只要每天的工资标准合理，不低于当地最低工资标准，并及时支付，就是合法的。但此时通常也会明确约定工作天数与工资的关系，而非简单按自然天数计算。

2. 劳动合同的明确约定：

   • 无论采用何种工资计算方式，都应在劳动合同或协议中明确约定。这包括工资的计算方法、支付周期、加班工资的计算标准等。明确的约定可以避免后续因工资计算而产生的纠纷。

四、注意事项与法律保障

1. 法定节假日与加班工资：

   • 即使采用按天算工资的方式，用人单位也应按照法律规定支付劳动者在法定节假日、休息日以及加班时的工资报酬。具体为：节假日加班必须按照三倍工资支付，公休日按照200%支付，平时加班按照150%支付。

2. 法律保障与维权途径：

   • 如果用人单位未按时支付工资、未按约定方式计算工资或存在其他违反劳动法规定的行为，劳动者可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。作为劳动者，应了解自己的权益，并在遇到问题时及时采取措施维护自己的合法权益。

举例说明：

假设某员工与用人单位约定按月工资5000元、按自然天数计算工资（当月30天）。若该员工当月全勤工作，则其应得工资为5000元（无需调整）。但若该员工当月请假5天，则按自然天数计算其应得工资为：5000 ÷ 30 × (30 - 5) = 4166.67元。然而，这种计算方式可能因未考虑休息日等因素而引发争议。因此，更常见的做法是采用21.75天作为月计薪天数进行计算。

总结与建议：

1. 明确约定：在签订劳动合同时，务必明确工资的计算方式、支付周期以及加班工资的计算标准等关键条款。
2. 了解权益：作为劳动者，应了解自己的权益和法律法规的规定，以便在遇到问题时及时采取措施维护自己的合法权益。
3. 咨询专业意见：若对工资计算方式或相关法律法规存在疑问，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律意见和解决方案。